根据上述职责，市住房和城乡建设局设11个内设机构：
（一）办公室（人事教育科）
综合协调局机关和直属单位工作，督促重大事项落实；负责文电、重要会务、机要和档案等机关日常运转工作；负责本单位及部门绩效评估；承担信息、保密、信访、政务公开、新闻宣传、督查工作；管理局机关财务物资、房产和安全保卫等行政事务工作；指导全市住房和城乡建设档案工作。负责局机关及直属单位机构编制、人事管理等工作；负责全市土建环保专业中级技术资格评审的相关工作；负责计划生育工作；负责离退休干部工作；负责建设行业注册考试管理工作；管理全市建设行业专业技术人员的继续教育工作。
（二）计划财务科
负责编制部门预决算；负责年度城建项目计划编制工作；管理住房和城乡建设行业各项资金；管理机关行政事业经费和专项资金；负责局机关预算内和预算外资金管理；指导和监督直属单位的财务工作；负责住房和城乡建设行业的统计信息工作；负责局机关和直属单位的国有资产运营管理指导和内部审计等工作。
（三）政策法规科
编制全市住房和城乡建设行业推进依法行政规划和年度计划并指导实施；组织研究全市住房和城乡建设较大的综合性政策问题；受理县（市、区）建设行政主管规范性文件的备案；负责颁发的规范性文件的合法性审核及报备工作；承担本局行政和信访复议及行政应诉工作；组织对政府有关部门政策规范征求意见的答复；负责申办行政执法人员资格确认和证件管理相关工作；负责本单位及部门社会治安综合治理和双拥工作；指导住房和城乡建设行业行政许可、行政执法、执法监督活动和法制宣传。
（四）工程建设科
指导全市房屋建筑和市政基础设施工程建设实施阶段程序的规范和管理工作；负责全市建筑工程质量监督、安全监督、监理、检测管理工作；负责贯彻和实行全市房屋建筑和市政基础设施工程质量管理的政策和规定；参与市管房屋建筑和市政基础设施工程项目的竣工验收。综合指导管理全市工程质量与行业安全生产文明施工工作；指导和督察工程质量、安全事故的调查处理，负责建筑业特殊工种人员的教育培训工作；负责安全年审工作。
（五）建筑业科
指导和规范全市建筑市场；制订全市工程建设定额和工程造价管理的规章制度；组织制订建设项目评价方法、经济参数和建设标准、建设工期定额、投资估算指标；负责管理全市工程建设人工材料、机械、设备预算价格工作。指导和监督全市房屋建筑和市政基础设施工程造价相关管理工作。负责房屋建筑和市政基础设施项目招标投标投诉调查处理工作；负责指导和协调市属建筑业企业的改制工作；参与全市建筑业企业资质管理工作；负责建筑业企业关键岗位人员岗位证书和执业资格管理和指导企业人员培训工作。组织协调本市建筑企业参与港澳台、国际工程承包和建筑劳务合作。
（六）城乡建设科
拟订全市市政公用事业、城镇减排的发展规划和产业政策并指导实施。指导全市供水、节水、燃气、市政设施（道路、桥梁、排水、生活污水处理、生活垃圾处理、路灯）、园林绿化、市容环境卫生、项目策划和统计工作；指导城市管线工程建设；指导城市规划区的绿化工作；指导对全市风景名胜区的保护、建设管理工作。
拟订全市村庄和小城镇建设政策并指导实施；指导全市镇、乡、村规划编制与实施；指导农村住房建设、农村住房安全和危房改造；指导小城镇和村庄人居生态环境的改善工作；组织村镇建设试点工作；指导国家重点镇、省级中心镇的建设；指导历史名镇、名村保护监督有关工作；配合推动城乡统筹工作。
（七）科技与勘察设计科（抗震办公室）
拟订全市民用建筑节能、建设科技发展规划和政策并指导实施；组织实施建筑节能示范项目；组织重大科技项目研究开发；负责科技成果及新材料的管理和推广应用；负责全市房屋建筑和市政基础设施建设标准化管理工作，指导监督国家、行业和地方工程建设标准的实施。
拟订全市工程建设和城乡建设勘察设计行业规划和政策并指导实施；规范全市工程建设和城乡建设勘察设计市场各方主体行为，指导全市勘察设计行业发展技术创新和质量管理；监督全市房屋建筑和市政基础设施工程的施工图设计审查工作；指导和监督全市房屋建筑和市政基础设施工程的抗震设防、抗震加固、超限高层建筑工程抗震设防和城市地下空间开发利用工作；参与全市房屋建筑和市政基础设施工程市重点项目初步设计审查工作；配合指导全市城市无障碍建设和改造。
（八）产权产籍科
贯彻实施国家和省有关房屋产权、产籍管理和房屋征收与补偿的法律、法规和政策。拟订房屋产权、产籍管理和国有土地上房屋征收与补偿的规范性文件，并检查督促实施。负责房屋权属管理工作；指导城镇危险房屋的管理工作；指导城市房屋征收与补偿实施工作，对房屋征收与补偿纠纷依法进行核实、处理，保障被征收房屋所有权人的合法权益；指导各县（市、区）城市房屋征收与补偿工作及房屋权属管理工作。
（九）市场物业科
贯彻执行国家和省有关房地产业的法律、法规和政策；组织编制全市中、长期房地产开发发展规划；会同有关部门拟订有关房地产开发经营、物业管理规范性文件；负责房地产建设用地指标、房地产开发经营、房地产交易市场、物业管理的监督管理工作；指导各县（市、区）房地产开发经营、房地产交易市场、物业管理的各项管理工作。
（十）行政审核审批科
负责建设工程初步设计文件的审批；办理建设工程的施工图设计文件、勘察成果报备；负责建设工程施工许可证的审批；办理建设工程安全施工措施、工程的竣工验收备案；负责施工企业安全生产许可证、监理、检测企业资质申报审查；负责城市市政设施（道路、桥梁、排水、生活污水、生活垃圾处理）、园林绿化、市容和环境卫生、风景名胜区保护建设的有关许可、经营、服务、使用等审批工作；负责商品房预售审批；负责房地产开发和物业企业资质审查或审批；负责商品房测绘成果审查。
负责全市建筑施工、建筑安装、建筑制品、室内外装饰装修、建筑金属结构、建筑幕墙、设备安装、工程造价咨询、招标代理等企业资质审查或审批；负责建筑与市政基础设施施工招标备案；负责燃气工程建设、供应、企业经营许可审批或备案；负责城市建设、设计、园林绿化企业资质申报审查；组织或参与有关审批、审查、备案项目的现场勘察、复核工作。其他法律、法规要求的审批、备案事项。
（十一）住房保障科（南平市住房委员会办公室）
拟订全市住房保障政策并指导实施；组织编制全市住房保障发展规划和年度计划并监督实施；指导全市住房制度改革；指导和规范公有住房出售、出租以及管理工作；指导和规范住房货币化和补贴发放工作；负责中央和省上保障性住房资金在我市安排的有关事项。
党委办公室。根据《党章》和《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》设置党委办公室，负责局机关和直属单位的党群工作。
