根据《国务院办公厅关于印发国家环境保护总局职能配置内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔1998〕80号），国家环境保护总局设10个职能司（厅）：

（一）办公厅（宣传教育司）

协助总局领导组织协调机关工作；承担文电、保密等机关工作；负责信访和公众举报工作；负责重大环境污染事故和省际环境污染纠纷情况通报、联络工作；拟定和组织实施环境保护宣传教育和新闻出版规划；推动公众和非政府组织参与环境保护；承办环境保护社会表彰和国际环境奖推选工作。

（二）规划与财务司

拟定国家环境保护规划；负责环境保护统计和信息工作，制定有关制度和规范；管理环境信息网络；审核城市总体规划中的环境保护内容；拟定并组织实施全国污染物排放总量控制计划和中国跨世纪绿色工程规划；承办国家补助的环境保护系统项目审核工作；组织编制国家环境状况公报；组织发布重点城市和流域环境质量状况；参与编制国家可持续发展纲要。

（三）政策法规司

拟定国家环境保护政策和法规，制定行政规章；承担重大经济和技术政策、发展规划和重大经济开发计划环境影响评价工作；组织环境保护行政处罚、行政复议和应诉工作；组织开展对各地方、各部门贯彻执行国家环境保护法律法规的执法检查。

（四）行政体制与人事司

承担总局机构编制和人事管理工作；组织全国环境保护行政表彰；指导环境保护系统行政管理体制改革和规范化建设。

（五）科技标准司

组织协调环境保护科学研究和技术引进；组织环境保护重大科技攻关和技术示范工程；管理环境保护科技成果；制定环境保护行业标准；承办地方环境保护标准备案工作；管理全国环境管理体系和环境标志认证；建立和组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展。

（六）污染控制司

拟定和组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治法规和规章；组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放、危险废物经营许可、有毒化学品进出口登记、行政代执行等环境管理制度；组织编制环境功能区划；组织拟定和监督实施国家重点流域、重点区域污染防治规划；承办可用作原料的废物进出口许可工作。

（七）自然生态保护司

组织拟定和监督实施自然生态保护法规和规章；组织拟定生物多样性保护计划；组织编制全国自然保护区规划；提出新建的各类国家级自然保护区审批建议；监督管理国家级自然保护区；监督自然资源开发活动中的环境保护；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护、荒漠化防治工作；监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作；管理生物技术环境安全；负责农村生态环境保护；指导全国生态示范区建设和生态农业建设。

（八）核安全与辐射环境管理司（国家核安全局）

承担核安全、辐射环境、放射性废物管理工作，拟定有关方针、政策和法规；参与核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行统一监督管理；对核材料的管制和核承压设备实施安全监督；承担有关国际公约和双边合作协定实施工作。

（九）监督管理司

拟定和组织实施开发建设活动环境影响评价、“三同时”、排污收费等各项环境管理制度政策法规和规章；管理环境监测和环境监测网；指导和协调解决各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；指导城乡环境综合整治。

（十）国际合作司

参与协调环境保护国际活动；参加环境保护国际条约谈判；管理并组织协调环境保护国际条约国内履约活动和对外联系；管理环境保护系统对外经济合作；承办涉外环境污染处理工作和涉外环境保护事务；指导驻联合国环境规划署代表处业务工作；承担与环境保护国际组织联系事务；承担中国环境与发展国际合作委员会日常事务。

机关党委。负责总局机关及在京直属单位的党群工作 。