木材散孔。心材新切面红褐色，久则转深，呈暗褐或巧克力褐色；与边材区别明显，边材窄，浅黄褐色。有宽窄不一的不规则暗色条纹，具光泽，无特殊气味和滋味，纹理交错，结构细而匀。

新伐料心材呈黄褐色或红褐色，经空气氧化后久则转深。板料色泽光润，纹理清晰，木纹中常夹有深褐色或者紫褐色条纹（黑筋线），如行云流水，又可见“鬼脸”花纹，外观酷似降香黄檀（俗称海南黄花梨），美观独特，给人以古色古香的感觉。

年轮不明显至略明显，管孔肉眼下略可见，小，数量略少；分布不均匀；孔内常见深红色树胶并有矿物质沉淀。轴向薄壁组织放大镜下可见，环管束状，翼状。木射线细，放大镜下明显。

长叶鹊肾木材甚重，气干密度1.015-1.41g/cm³；重、硬。木材干缩甚小，

干缩率从生材至气干径向0.8%，弦向1.0%；强度甚高，长叶鹊肾顺纹抗压强度为89.6-91.1 MPa，顺纹抗剪强度（径向）为18.7-20.5 MPa。干缩性能指标与降香黄檀接近，且强度指标高于降香黄檀。

管孔横切面卵圆形至圆形，单管孔及2-3个短径列复管孔，管间纹孔互列，系附物纹孔。轴向薄壁组织翼状及聚翼状。木射线非叠生，单列射线少，高3-18细胞（多数8-15细胞），多列射线宽2-4列，高8-45细胞（多数17-32）细胞，射线组织异形Ⅲ型，稀Ⅱ型或异形多列。射线与导管间纹孔式主为大圆形及刻痕状