根据上述职责，市环境保护局设11个内设机构：

（一）办公室

组织协调局机关日常工作；起草重要报告和综合性文件，负责有关重要会议的组织；负责文秘、政务公开、政务信息、机要、保密、信访、档案和机关行政管理与接待工作；负责局机关及指导直属单位的安全保卫工作。

（二）财务科

负责局机关的财务工作；负责环保专项资金的协调、监督使用；监督、指导直属单位的财务工作。

（三）环境影响评价规划科

组织编制全市环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作；组织实施全市建设项目竣工环境保护验收工作。

（四）科技监测科

组织环境保护重大科技攻关和技术示范工程；负责组织环境保护科技成果的推广和运用；指导和推动环境保护产业发展；负责对环境污染治理设施营运资质实施监督管理；参与应对气候变化工作。负责环境监测管理、环境信息发布和环境突发事件的应急处理。组织开展环境监测；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警；承担全市环境监测网络建设和管理的有关工作；承担发布环境状况公报的有关工作；承担市环境科学学会的日常工作。

（五）污染防治科

（加挂娄底市总量控制办公室牌子）

负责环境污染防治的监督管理。拟订专项环境功能区划、污染防治规划并监督实施；监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织指导城镇环境综合整治工作，负责实施全市城市环境综合整治定量考核制度；组织实施排污申报登记和危险废物经营许可证、可用作原料的固体非废物进口许可等工作；拟订主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作；负责环境污染责任保险工作；负责市人民政府节能减排工作领导小组减排办公室的日常工作。

（六）自然生态保护科

负责编制全市生态保护规划；提出新建的各类自然保护区审批建议以及上报备案工作；承办市内新建国家自然保护区的申报等有关工作；监督管理自然保护区，协助监管市内国家自然保护区；组织开展生态状况评估、生物多样性保护、生物遗传资源保护工作；指导生态示范创建；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；监督生物技术环境安全；监督管理全市农村生态环境保护，指导生态示范区建设工作。

（七）核与辐射管理科

负责全市核事故应急管理工作以及核安全和辐射安全的监督管理。组织贯彻实施国家和地方核与辐射环境安全监督管理的相关法律、法规、政策和标准；对核设施、放射源和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的核与辐射污染防治、防护和安全实行监督管理；负责辐射防护工作；负责放射性废物处理、处置的安全和辐射环境保护工作的监督管理；负责放射性同位素、射线装置的生产、销售、使用的审核和报批；负责输变电设施及线路、信号台站等电磁辐射装置和电磁辐射环境的监督管理；负责核与辐射应急响应和调查处理；指导全市辐射环境监测工作。

（八）政策法规科

起草市级环境保护方面的地方性规范文件；承担有关规范性文件的合法性审核工作；负责局机关行政复议、行政赔偿和应诉等工作；组织开展全市环境保护执法检查活动；指导和监督全市环境保护依法行政工作；负责出具排污单位环保守法证明和推行“绿色信贷”工作；负责组织、指导和协调全市环境保护宣传教育工作；负责组织环境保护重大新闻发布，协调重要环境新闻的采访报道。

（九）环境信访科

负责受理环境信访事项，做好环境信访接待工作；负责向有关责任单位转送、交办环境信访事项；监督检查环境信访事项的处理和落实情况；负责环境信访调研和环境信访信息报送工作；组织协调办理人大代表建议和政协委员提案。

（十）区乡环境管理科

（加挂娄底市环境保护局娄星分局牌子）

负责编制娄星区环境保护规划；负责娄星区范围内城市建成区以外环境监督管理工作；负责娄星区范围内城市建成区以外建设项目的环境影响评价文件审批、排污费核定、征收、环境执法、监督管理、污染源治理、环境安全隐患排查、环境违法行为查处、环境污染纠纷调处等工作；完成娄星区人民政府交办的其他工作任务。

（十一）人事科

负责局机关和直属单位机构编制、人事管理、社会保障、计划生育、离退休人员管理、专业技术资格和职称评聘等有关管理工作；指导全市环境保护系统人才队伍建设、培训教育、职（执）业资格评定、人事统计等有关工作。

机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作。

纪检（监察）机构按有关规定设置。