学院设环境科学、环境工程、资源环境等3个系和环境化学与工程技术、环境生物技术、环境生物技术与功能材料、流域水环境、大气污染控制、资源循环及环保新材料、资源循环与清洁生产公益、战略环评与规划等8个研究所以及现代分析测试中心、实验教学中心。2013年开始与中国科学院生态环境研究中心联合创办“环境与健康菁英班”，共同培养高层次拔尖创新人才。环境工程为省级重点学科，环境模拟与污染控制实验室为省级重点实验室。学院拥有国家环境保护总局颁发的甲级《环境影响评价证书》和山东省技术监督局颁发的《计量认证合格证书》，山东省清洁生产中心业务部设在本院。原国家环保总局局长、国家著名环保专家曲格平教授担任学院名誉院长，现任院长是陈建民教授。
