1、办公室

职能：协助局领导组织机关日常工作，对局机关各处室工作进行综合协调；负责公文处理、文书档案、政务信息、建议提案、年鉴史志、信访、宣传、保密、保卫、水利学会等工作以及重大活动、重要会议的组织工作；负责机关内部规章制度建设；负责机关办公、职工生活等方面的后勤服务工作。负责拟定全市水利科学技术发展规划和年度计划；组织重大水利科学研究和技术推广；归口管理全市水利行业技术质量标准和水利工程规程、规范并监督实施；组织指导全市水利信息化工作。

2、组织人事处（挂“机关党委”牌子）

职能：负责局机关和直属单位的机构编制、组织人事、劳动工资和老干部等工作；负责局机关干部和直属单位科级干部的管理工作；负责局机关和直属单位的思想政治工作以及党建、工会、妇工委、共青团等工作；承办全市水利行业专业技术职务评聘工作；指导全市水利行业劳动保护和职工队伍建设工作；指导全市水利系统职工教育培训。

3、财务审计处

职能：指导全市水利系统财务会计工作；负责有关水利资金的计划、使用、管理及监督；指导全市水利行业国有资产的监督管理工作；指导全市水利多种经营工作，负责全市水利系统企事业单位经济的行业管理；负责水利产业经济重大项目的开发、利用外资等审查和管理；负责直单位综合经营的开发、管理和服务；指导全市水利系统的内部审计工作；负责市拨水利资金和直属单位财务收支等方面的审计监督工作；负责局机关的财务工作。

4、计划基建处

职能：指导全市水利规划工作；组织起草全市水利发展战略、中长期规划和年度计划，拟定流域（区域）水利规划和重点水利工程规划，并监督实施；负责全市水利投资计划的综合平衡，拟定全市水利固定资产投资计划；编制、审查全市大中型水利建设项目的建议书、可行性研究报告；负责水利综合统计工作。指导全市水利基本建设工作；负责全市大中型水利工程的报建登记、开工审批以及水利行业水利建设工程项目招投标活动的监督管理工作；组织重点水利工程建设；指导全市水利工程质量监督和建设监理工作；组织审核全市水利建设相关单位的资质及执业人员的资格；拟定、修订全市水利建设工程定额；配合有关部门做好水利建设项目的市级验收。

5、工程管理处

职能：负责全市各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护；负责水利工程范围内建设项目的审批；指导辖区内长江等流域性河道、湖泊及河口的治理和开发；指导全市江河湖泊和水利工程的安全运行管理；组织指导全市水库大坝的安全监管；拟定全市重点水利工程的岁修计划，并组织实施；负责拟定和贯彻执行水利工程管理法规；指导全市水利行业安全生产；指导直属工程管理单位的技术业务。

6、水政水资源处（挂“市节约用水办公室”牌子）

职能：拟定水利法制建设规划；研究提出有关水利法规和水利政策；指导全市水行政执法工作；承办行政复议、行政诉讼及普法宣传教育工作。

负责全市水资源统一管理、保护和监督工作；负责全市计划用水、节约用水工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；组织拟定水资源保护规划、节约用水规划和城市供水水源规划，并会同有关部门拟定全市水中长期供求计划和水量分配方案；组织水功能区的划分和向饮水区等水域的排污的控制；组织监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；按照文件规定，与有关部门共同做好在水利工程管理范围内设置排污口的审核审批工作；发布全市水资源公报和水质监测简报；指导全市水政监察工作；根据有关规定，指导水务一体化工作。

7、农村水利处（挂“市水土保持办公室”牌子）

职能　组织指导全市水利工作和农村水利服务体系的建设；组织拟定农田水利中长期规划和年度计划；指导全市灌区管理工作；指导节水灌溉、乡镇供水、小水电工作；指导全市中低产田改造中水利方面的工作以及丘陵山区小流域治理工作；组织指导全市水土保持工作，拟定水土保持工程规划和计划并组织实施；组织水土流失的监测和综合治理；拟定并贯彻执行水土保持政策、法规，组织水土保持技术科研及推广工作；配合有关部门做好农水专项资金的计划和管理工作。

8、防汛防旱指挥部办公室

职能：市防汛防旱指挥部办公室主要职责是：协助市政府制定全市防汛防旱工作计划，并拟定具体实施方案；组织、协调全市防汛防旱工作；按照国家和省、市防汛防旱指挥部的指示，组织全市汛前检查，组织调度抗洪抢险救灾所需的物资、设备；收集、整理雨情、水情、工情、灾情，并及时反馈给上级有关部门；对流域性河道和重要水利工程实施防汛防旱调度。