根据上述职责，凉州区交通运输局设5个内设机构：

（一）综合办公室（加挂区交通战备办公室牌子）

负责组织协调机关工作；负责文电、会务、党务、政务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、扶贫、政务公开、新闻宣传、信访、提案办理、政务监督、干部人事、劳动工资、精神文明建设、外事接待、机关后勤和资产管理等工作；起草重要报告和综合性文件；负责做好全区交通战备工作；完成局领导交办的其他工作。

（二）计划财务室

会同有关部门制定全区交通运输行业财务会计、国有资本、资产及专项资金管理的规章制度并监督实施；负责交通运输建设资金的筹融资及资金的使用管理；负责局机关和局属事业单位财务预算资金使用审查报批及审计监督管理等工作；负责交通运输行业国有资产和国有资本及政府采购的管理工作；负责机关财务；组织行业财务工作监督检查；拟定全区交通运输行业内部审计工作规划、制度和办法，管理、监督和指导内部审计。

（三）农村公路办公室 （加挂交通建设工程设计室牌子）

负责编制全区综合交通运输发展中长期规划，并指导、检查规划实施工作；组织实施全区农村公路建设、养护规划和年度计划；负责全区农村公路大中修工程项目和养护管理工作，组织审批全区农村公路工程项目初步设计和施工图设计，组织工程项目招投标、实施、检查、质量监控和交、竣工验收；组织农村公路建设项目前期工作和立项报批工作；组织协调农村公路建设项目的实施和质量管理；依法对全区公路建设市场进行监督管理，维护交通行业基本建设市场秩序；负责做好交通运输行业统计，组织区乡公路交通量调查；指导全区农村公路养护工作。

（四）法规办公室（加挂路政大队、行政审批股牌子） 负责全区公路路政管理，审批区、乡公路路政管理行政许可事项，查处各类路政案件，依法维护公路路产路权，治理公路“三乱”工作；负责全区交通行政执法队伍建设，指导交通运输行政执法工作；负责交通行业行政监督检查、行政复议和行政诉讼工作；承担全区交通行业依法行政、法制宣传教育，指导交通运输行业改革工作；负责规范性文件的合法性审定；对全区交通运输行政执法工作实施监督检查；组织区交通运输行政执法行政复议工作；依法受理、办理本部门按照规定集中纳入区政府政务服务中心的行政审批事项和政务服务事项。

（五）运输安全办公室

负责协调全区道路运输工作，指导和监督水上交通安全管理工作；依法对全区交通运输行业生产经营单位进行安全生产监督检查；拟订全区道路安全生产政策和应急预案，并组织实施；负责安全生产和应急处置体系建设；负责突发事件应急处置和依法组织或参与有关事故调查处理工作。