随着时间流逝，贝伦塔失去了它建造时的主要用途，防守塔霍河(Tagus River)边上的港口。在后来的几个世纪中，它被用作海关，电报站，甚至是灯塔。利用贮藏室被改造成的地牢，它也曾被用作为监狱。随着时间的流逝，该塔经历了无数次的改造。其中19世纪，改造达到了顶峰：塔本身保留了中世纪的风格，只不过要窄得多，且有四个拱顶的房间；而堡垒经改建，更加现代化，包括在原来放置大炮的地方设置了匹配物。之后，随着新堡垒的建设，贝伦塔已经失去了它当初作为特茹河防护地的作用。据说，罪越重的犯人，就被关在越底层。当潮涨的时候，底层的犯人就会被淹死。

走过吊桥，穿过大门，就可以看到壁垒的内部。墙上共有16个炮位可以安装大炮以御敌。地板中间高，边缘低，这样有助于保护大炮，也可以快速的排干积水。在屋顶的中央有个哥特式的矩形天窗，用作壁垒的通风口，以便大炮开火的硝烟能快速散去。在壁垒的地板下面有一些储藏室，最大的一间可以从北面的楼梯到达。这些储藏室一开始被用来放补给品，后来变成地牢。在入口的右边有一座陡峭的楼梯通向壁垒顶部的平台。在多边形的平台的角上有六座岗亭，每座都有一扇瞭望窗和胡椒盒形状的屋顶。在平台的中央有一圈栏杆，围着下面的天井。在1580年开始的增建工程试图使贝伦塔有更多的空间容纳更多人，但这些增加的部分不久就被毁坏，贝伦塔回到了原先的样子。在栏杆的南面有一座胜利圣母像(Nossa Senhora do Bom Sucesso)，也被称之为葡萄处女(Virgem das Uvas)。

塔的正面朝南，入口在壁垒平台上。塔的朝南面上有着极好的石雕。在第二层的阳台上有用花边装饰的楣和栏杆，在上面有一个巨大的曼努埃尔一世国王之盾(Royal Shield of King Manuel I)。这个用皇家符号和曼努埃尔式的元素装饰的正面，被16世纪的旅行者和水手称赞。沿右侧的楼梯走上去，就进入塔中的第一个房间，被称之为长官的房间。那里有个八角形开口的水箱，用来贮藏雨水。房间的顶是用石灰涂抹的。在东北角和西北角又通向岗亭的入口。左侧有一段螺旋梯，通向上层其他的房间。房间的名字可能来源于这是原来长官办公的地方。1521年，加斯帕·德· 派瓦在这里办公，行使管理和审判的权利。沿螺旋梯向上可以到达第二个房间，被称之为国王的房间。这间房间通向南面的阳台，那里地板上有8个圆孔，可以让防守者往下扔石头和沸油。上面的第三间房间被称之为观众的房间。这有两扇大窗，它们之间有个壁炉。最上的一个房间被称之为小礼拜堂，有着扇形的拱状天花板，装饰着曼努埃尔式的象征物，这间房间总体来说相当朴素。

在贝伦塔的建筑风格上很容易看出弗朗西斯科·德·阿鲁达的作用，他大量使用了摩尔人和阿拉伯人的艺术元素，比如说岗亭顶端的胡椒粉盒形状的炮台。为了显示出国王的声威，塔上装饰了许多曼努埃尔式的象征物，比如说厚的石绳环绕塔身，点缀石结、浑天仪或是耶稣十字和一些其他的动植物元素。其中一座石雕犀牛相当引人注目，它在岗亭的底座上，显示了葡萄牙航海家探索海外的功绩。 弗朗西斯科·德·阿鲁达(Francisco de Arruda)在从北非返回时，被任命为贝伦塔要塞的总工程师。1514年，贝伦塔的建设开始了。当时是在王国的皇家工程大臣迪奥戈·德·波伊塔卡(Diogo de Boitaca)的指导下开始的。贝伦塔于1520年完工。