（一）办公室。负责机关日常运转，承担文电机要、督查考核、政务公开、新闻宣传、安全保密、信访、档案、机关后勤事务等工作。
（二）政策研究室。负责全市审计工作相关重要问题的研究，承担重要文稿的起草和审核有关工作，牵头起草本级财政预算执行情况及其他财政收支的审计报告、审计结果报告，对审计成果进行整理研究和综合利用，负责审计理论研究。
（三）审计计划管理处（审计整改督查处）。负责全市审计项目中长期规划、年度审计项目计划的统筹和编制，负责审计规划和年度计划实施的督促检查，负责审计报表统计工作，负责审计整改督查相关工作，牵头起草年度审计整改工作情况报告，承担全市审计整改督查工作的指导和协调。
（四）法规审理处。负责组织起草审计地方性法规草案、政府规章和规范性文件，组织开展法治宣传教育，承担机关规范性文件的合法性审查和审计业务文书审核工作，承担机关行政复议、行政应诉等工作，审理有关审计业务事项，监督检查局机关和区县（自治县）审计局的审计业务质量，纠正或责成纠正区县（自治县）审计局违反相关规定作出的审计决定，负责对重大违纪违法问题线索的移送协调。
（五）内部审计指导监督处。负责推动有关单位建立健全内部审计制度，负责对内部审计机构和内审协会等进行业务指导，监督内部审计职责履行情况，检查内部审计业务质量，负责指导和监督国有和国有资本占控股或主导地位的企业的监事会工作，组织开展对社会审计机构出具的相关审计报告的核查，负责中介机构库的管理工作。
（六）重庆市经济责任审计工作联席会议办公室。负责重庆市经济责任审计工作联席会议日常工作，督促落实重庆市经济责任审计工作联席会议决定的有关事项，研究起草有关经济责任审计的制度和文件，研究提出年度经济责任审计计划建议，总结推广经济责任审计工作经验，承担全市审计机关经济责任审计工作的指导和协调。
（七）电子数据审计处。组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用，承担对有关部门和国有企事业单位网络安全、信息化项目以及信息系统的审计，负责审计信息化建设项目实施、审计信息系统开发应用、计算机软硬件管理与维护工作，负责数字化审计的技术支持、培训工作，指导区县（自治县）审计局开展审计信息化工作。
（八）重大政策执行审计一处。组织对国家和市委、市政府有关重大政策措施贯彻落实情况的审计，承担全市审计机关重大政策执行审计工作的指导和协调。
（九）重大政策执行审计二处。承担对国家和市委、市政府投资政策贯彻执行情况的审计，承担全市重点行业建设规划、投资计划执行和市级重大公共投资建设项目实施过程的审计监督。
（十）财政审计一处。承担对本级政府财政预算执行、决算草案以及其他财政收支的审计，组织对区县（自治县）政府财政预算执行、决算草案以及其他财政收支的审计，承担对市级财政转移支付资金的审计，承担全市审计机关财政审计工作的指导和协调。
（十一）财政审计二处。组织对市级党政机关、人民团体、事业单位及所属单位的预算执行和其他财政财务收支的审计。
（十二）财政审计三处。承担对市级部门管理的教科文卫专项资金的审计，承担对国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支及其他项目的审计。
（十三）农业农村审计处。承担对市级部门管理的农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目的审计，承担对大中型水利建设项目、三峡后续工作等专项资金的审计，指导区县（自治县）审计局开展农业农村、水利等审计工作。
（十四）投资审计一处。承担对中央、市级政府投资和以中央、市级政府投资为主的行政政法类、社会事业类、科技类、工业及产业结构调整类等建设项目预算执行、决算和建设运营情况的审计，承担全市审计机关投资审计工作的指导和协调。
（十五）投资审计二处。承担对中央、市级政府投资和以中央、市级政府投资为主的市政设施类、交通投资类、水利能源类和资源环保类等公共投资建设项目预算执行、决算和建设运营情况的审计。
（十六）社会保障审计处。承担对市政府有关部门管理的和其他单位受市政府委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金和其他公共资金的筹集、管理、分配、使用情况以及有关经济活动的审计，指导区县（自治县）审计局开展社会保障审计工作。
（十七）自然资源和生态环境审计处。承担领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源资产管理、污染防治和生态保护与修复情况审计，指导区县（自治县）审计局开展自然资源资产和生态环境审计工作。
（十八）金融审计处。承担对市属国有和国有资本占控股或主导地位的金融机构的审计监督，承担相关企业领导人员经济责任审计，开展地方金融特定事项的审计，承担对市级金融管理部门预算执行情况、决算草案和其他财政财务收支的审计。
（十九）企业审计一处。承担对市属投融资类及其他国有和国有资本占控股或主导地位的企业的审计监督，承担相关企业领导人员经济责任审计，承担全市审计机关企业审计工作的指导和协调。
（二十）企业审计二处。承担对市属工业类国有和国有资本占控股或主导地位的企业的审计监督，承担相关企业领导人员经济责任审计。
（二十一）企业审计三处。承担对市属商贸物流类、文化产业类国有和国有资本占控股或主导地位的企业的审计监督，承担相关企业领导人员经济责任审计。
（二十二）经济责任审计一处。承担对区县（自治县）党政主要领导干部和区县（自治县）审计局主要负责人的经济责任审计。
（二十三）经济责任审计二处。承担对市级党政工作部门、事业单位、人民团体和按干部管理权限属于审计监督范围的有关单位主要负责人的经济责任审计。
（二十四）组织人事处。负责全市审计机关组织干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训和审计专业技术职称考评等工作，按规定承担区县（自治县）审计局领导干部任免管理具体工作。
（二十五）财务处。拟订全市审计机关财务管理制度并组织实施，负责全市审计机关的财务管理、会计核算及财会人员继续教育培训等工作。
机关党委。设置机关党委办公室，负责机关、所属单位的党群工作，具体管理本部门所主管的社会组织党的建设工作，指导区县（自治县）审计局的党建工作，组织开展对区县（自治县）审计局的巡察工作。
离退休人员工作处。负责机关及所属单位离退休人员管理工作，指导区县（自治县）审计局的离退休人员管理工作。
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