水权制度是界定、配置、调整、保护和行使水权，明确政府之间、政府和用水户之间以及用水户之间的权、责、利关系的规则，是从法制、体制、机制等方面对水权进行规范和保障的一系列制度的总称。
水权制度体系由水资源所有权制度、水资源使用权制度、水权流转制度三部分内容组成。
（一）水资源所有权制度
水法明确规定“水资源属于国家所有。水资源的所有权由国务院代表国家行使。”国务院是水资源所有权的代表，代表国家对水资源行使占有、使用、收益和处分的权利。推行水资源宏观布局、省际水量分配、跨流域调水以及水污染防治等多方面工作，都涉及到省际之间的利益分配，必须强化国家对水资源的宏观管理。地方各级人民政府水行政主管部门依法负责本行政区域内水资源的统一管理和监督，并服从国家对水资源的统一规划、统一管理和统一调配的宏观管理。国家对水资源进行区域分配，是在国家宏观管理的前提下依法赋予地方各级人民政府水行政主管部门对特定额度水资源和水域进行配置、管理和保护的行政权力和行政责任，而不是国家对水资源所有权的分割。
水资源所有权制度建设必须坚持国家对水资源实行宏观调控的原则，突出国家的管理职责。主要内容包括如下几个方面。
1．水资源统一管理制度
明确国家对水资源实行统一管理的内涵。制定国家对水资源实行总量控制和定额管理的管理办法。
2．全国水资源规划制度
水资源规划是水资源配置、保护、管理和开发利用的基础。编制全国水资源开发利用近期和中长期规划，流域综合规划和水资源规划、水中长期供求规划、水资源配置方案、水功能区划、河流水量分配方案、旱情紧急情况下的水量调度预案等，建立编制水资源配置方案和河流水量分配方案的管理制度。
3．流域水资源分配的协商机制
包括中央政府调控，流域内各省（直辖市、自治区）政府参加的协商制度。
4．区域用水矛盾的协调仲裁机制
5．水资源价值核算制度
包括对水资源的经济、环境和生态价值进行评估的制度，对水资源的调查评价，对水资源可利用量估算，对水资源演变情势分析等制度。
6．跨流域调水项目的论证和管理制度
7．水资源管理体制
规范水资源的国家宏观管理体制、流域管理体制和区域水管理体制，规范水资源配置统一决策、监管的体制和机制。
（二）水资源使用权制度
根据水法的有关规定，建立水权分配机制、对各类水使用权分配的规范以及水量分配方案。根据水法对用水实行总量控制和定额管理相结合的制度规定，确定各类用水户的合理用水量，为分配水权奠定基础。水权分配首先要遵循优先原则，保障人的基本生活用水，优先权的确定要根据社会、经济发展和水情变化而有所变化，同时在不同地区要根据当地特殊需要，确定优先次序。
要做到科学、合理分配水权，必须建立两套指标，即水资源的宏观控制指标和微观定额体系。根据全国、各流域和各行政区域的水资源量和可利用量确定控制指标，通过定额核定区域用水总量，在综合平衡的基础上，制定水资源宏观控制指标，对各省级区域进行水量分配。各行政区域再按管理权限向下一级行政区域分配水量。根据水权理论和经济发展制定分行业、分地区的万元国内生产总值用水定额指标体系，以逐步接近国际平均水平为总目标，加强管理，完善法制，建设节水防污型社会。通过建立微观定额体系，制定出各行政区域的行业生产用水和生活用水定额，并以各行各业的用水定额为主要依据核算用水总量，在充分考虑区域水资源量以及区域经济发展和生态环境情况的基础上，科学地进行水量分配。
水资源使用权制度主要包括以下内容。
1．水权分配
（1）建立流域水资源分配机制，制定分配原则，明确分配的条件、机制和程序。重点工作是研究区域水资源额度的界定，包括水资源量的配置额度和水环境容量的配置额度。
（2）建立用水总量宏观控制指标体系。对各省级区域进行水量分配，进而再向下一级行政区域分配水量，流域机构和区域负责向用水户配置水资源。区域配置的水资源总量不超过区域宏观控制指标，流域内各区域配置的水资源总量不超过流域可配置总量。
（3）建立用水定额指标体系。合理确定各类用水户的用水量，为向社会用水户分配水权奠定基础。制定各行政区域的行业生产用水和生活用水定额，并以各行各业的用水定额为主要依据核算用水总量，依据宏观控制指标，科学地进行水量分配。
（4）建立水权的登记及管理制度。对用水户的初始水权进行登记和确认，保证初始水权的基本稳定，并对初始水权的调整、流转和终止进行规范。
（5）制定水权分配的协商制度。建立利益相关者利益表达如听证等机制，实现政府调控和用水户参与相结合的水权分配的协商制度。
（6）建立对各类水使用权分配的规范。建立和完善水能、水温、水体、水面及水运使用权的配置制度，建立健全相关监管制度，规范利用市场机制进行配置的行为。
（7）完善大型用水户和公共取水权的配水机制。建立配水方案制定、调整以及相关用水户参与的相关制度。
（8）建立公共事业用水管理制度，保障救灾、医疗、公共安全以及涉及卫生、生态、环境等突发事件的公共用水。
（9）建立生态用水管理制度，强化生态用水的管理，充分考虑生态环境用水的需求。
（10）制定干旱期动态配水管理制度、紧急状态用水调度制度。规定特殊条件下水量分配办法，对特殊条件和年份（如干旱年）各类用水水量进行调整和分配。
2．取水管理
（1）修订《取水许可制度实施办法》。
（2）制定取水许可监督管理办法。对取得取水许可的单位和个人进行监督管理，包括对水的使用目的、水质等方面的监督管理。
（3）制定国际边界河流和国际跨界河流取水许可管理办法。对于向国际边界河流和国际跨界河流申请取水的行为进行许可管理，包括取水限额、取水河段、水质要求等。
（4）制定取水权终止管理规定，明确规定取水权的使用期限和终止时间。
（5）建立健全水资源有偿使用制度，尽快出台全国水资源费征收管理法规。为了进一步规范水资源费的征收和管理，应制定出台全国性的水资源费征收管理的法规，各地据此修订地方水资源费的征收和管理实施办法。
3．水资源和水环境保护
建立水权制度的核心之一是提高用水效率和效益、有效保护水资源。应尽快完善水资源节约和保护制度，建设节水防污型社会。
（1）制定全国节约用水管理法律法规，建立节水型社会指标体系。
（2）保护水环境，加强提高水环境承载能力的制度建设。完善环境影响评价制度、水功能区划管理及保护制度，建立并实施生态用水和河道基流保障制度以及区域水环境容量分配制度。
（3）完善控制排污的制度。依据有关法律法规，建立和完善排污浓度控制与总量控制相结合的制度、边界断面水质监测制度、入河排污口管理制度、污染事件责任追究制度、污染限期治理制度、排污行为现场检查制度以及其他各项排污管理制度。
（4）完善地下水管理及保护制度。为保护地下水资源，要充分考虑代际公平原则，不能破坏地下水平衡。要完善地下水水位和水质监测、开采总量控制、限采区和禁采区的划定及管理、超采区地下水回补等方面的制度。
4．权利保护
根据国家有关物权的法律法规，规范政府和用户、用户和用户间的关系，维护国家权益，保护水权拥有者权利。
（三）水权流转制度
水权流转即水资源使用权的流转，目前主要为取水权的流转。水权流转不是目的，而是利用市场机制对水资源优化配置的经济手段，由于与市场行为有关，它的实施必须有配套的政策法规予以保障。水权流转制度包括水权转让资格审定、水权转让的程序及审批、水权转让的公告制度、水权转让的利益补偿机制以及水市场的监管制度等。影响范围和程度较小的商品水交易更多地由市场主体自主安排，政府进行市场秩序的监管。
1．水权转让方面
（1）制定水权转让管理办法。对水权转让的条件、审批程序、权益和责任转移以及对水权转让与其他市场行为关系的规定，包括不同类别水权的范围、转让条件和程序、内容、方式、期限、水权计量方法、水权交易规则和交易价格、审批部门等方面的规定。
（2）规范水权转让合同文本。统一水权转让合同文本格式和内容。
（3）建立水权转让协商制度。水权转让是水权持有者之间的一种市场行为，需要建立政府主导下的民主协商机制。政府是水权转让的监管者。
（4）建立水权转让第三方利益补偿制度。明确水权转让对周边地区、其他用水户及环境等造成的影响进行评估、补偿的办法。
（5）实行水权转让公告制度。水权转让主体对自己拥有的多余水权进行公告，有利于水权转让的公开、公平和效率的提高，公告制度要规定公告的时间、水量水质、期限、公告方式、转让条件等内容。
2．水市场建设方面
水市场是通过市场交换取得水权的机制或场所。水市场的建立需要有法律法规的保障。在我国，水市场还是新生事物，需要进一步发展和培育。水市场的发展需要相应的法律、法规和政策的支持、约束和规范。
（1）国家出台水市场建设指导意见。明确水市场建设、运行和管理的机构，建立水市场运行规则和相关管理、仲裁机制以及包括价格监管等交易行为监管机制。
（2）探索水银行机制。借鉴国外经验，用银行机制对水权进行市场化配置。探索建立水银行，制定水银行试行办法，通过水银行调蓄、流转水权。
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