一、办公室。负责组织、协调局机关日常事务工作，承办文电、重大会议会务、机要、档案等机关日常运转工作；承办督查、水利信息化、保密、信息、宣传、政务公开等工作；承办机关内部规章制度的建立健全和完善；承办局机关后勤服务、综治维稳和扶贫等工作。
二、政治处。负责局机关及局直属事业单位机构编制、人事、教育培训、信访等工作；承办局机关并指导局直属事业单位的党建、党风廉政建设、纪检监察工作；承办水利水电工程中、初级专业技术职务的评聘工作；承办水利科技项目和科技成果的管理工作；承办局机关的党群工作和离退休干部管理工作；协助办理议案提案答复；指导局直属事业单位的的离退休干部工作。
三、资产财务科。负责州级水务资金和全州水务国有资产的监督管理；编制部门预算；下达水务投资计划；承办局机关的财务管理工作，指导、监督局直属事业单位的财务工作；指导水务投融资体制改革工作；承担全州水务系统内审工作。
四、政策法规与水政监察科。负责水务法规草案和规章草案的起草并经批准后组织实施；研究拟订水务工作政策；组织指导协调全州水务系统依法行政工作，指导水务行政许可和审批工作，并监督检查；承办规范性文件合法性审核、行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；指导水务法制宣传教育工作。贯彻执行涉水法律、法规并对执行情况进行监督检查；对违反涉水法律、法规的行为依法实施行政裁决、行政处罚决定或采取其它行政处置措施；协调处理跨县（市）的水务纠纷；指导和监督下级水务执法。
五、规划计划科。负责全州水务规划计划工作；组织拟订全州水务发展战略中、长期规划及年度建设计划；组织编制水利流域综合规划、区域综合规划和专项（专业）规划；负责大中小（1）型水利建设项目（含病险水库除险加固）的项目建议书、可行性研究报告和初步设计报告等阶段的审核、申报立项工作；按照流域规划要求，对中小型水库、水电站建设规划提出意见，承办水工程规划同意书审批和审核上报工作；组织编报全州年度水务投资建议计划，提出州级水务建设投资（含专项资金）的规模、投向和项目安排意见，协助下达中央、省级和州级水务建设投资计划；参与水务建设项目后评估和验收工作；负责全州水务综合统计工作。
六、水资源科。负责水资源的统一管理、保护和配置工作；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织编制水资源保护规划和水资源调查、评价与监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；指导饮用水水源保护、城市供水水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；指导入河排污口设置审核工作；指导计划用水和节约用水；指导水务管理体制改革。承担文山州节约用水办公室职责。
七、农水一科。主要负责全州农田水利基本建设工作。组织实施“五小水利”工程、节水灌溉、灌区续建配套与节水改造工程、牧区水利工程和中央补助农村小型农田水利重点县等工程计划、建设和管理；农田灌溉排水、农村雨水集蓄利用、灌溉试验和农村水利工程产权制度改革、管理体制改革及水利基层服务体系建设等；制定和落实农村水利行业技术标准与政策措施。
八、农水二科。主要负责全州农村饮水工作。组织开展农村饮水安全工程规划计划、建设和管理；村镇供水排水和农村节约用水；村镇饮水工程产权制度改革、管理体制改革和农村饮水工程科技推广、农村供水水价改革；制定和落实农村饮水行业技术标准与饮水安全、村镇供排水、农村节约用水相关政策措施。
九、建设科。依法贯彻执行国家基本建设程序和强制性规定；组织指导大中型水利工程建设项目的开工审查、审批、落实配套资金、蓄水安全鉴定、竣工验收和统计等；指导实施小（2）型以上病险水库除险加固工程建设；指导水利建设市场的监督管理；监督管理水利建设市场准入、项目法人组建、工程招投标、建设监理、工程造价和工程质量检测；指导水利建设市场信用体系建设；指导大中型水利工程建设项目财务管理及竣工财务决算编制工作。负责实施水务工程项目法人、施工、监理、设计等单位的工程质量和安全监督；组织开展水务行业安全生产监督检查。
十、工程运行管理科。负责水工程的运行和经营管理工作；承办建成后的水工程管理保护范围的划定；指导水务用水计划、农田灌溉、集中供水等管理工作；组织编制小（2）型病险水库除险加固规划，承担大坝安全鉴定、初步设计等审查、申报立项工作；组织水工程续修配套建设、保护和管理，承办水工程竣工验收后的交接手续；指导农村水利工程管理体制改革；指导水工程管理方案、水务国有资产管理和水价改革、供水价格方案的拟定、论证和审定；组织指导已建水务大坝注册登记和安全鉴定；承办水务系统经营管理统计工作；承办水利旅游发展规划编制和水利风景区评审及上报工作。
十一、水电科。负责全州水能资源开发利用管理工作；组织开展全州水能资源调查评价，并进行成果管理；承办全州资源开发、农村水电电气化和小水电代燃料项目规划编制，撰写全州农村水电发展战略、中长期发展规划扩监督实施；指导全州农村水电电气化和小水电代燃料行业技术进步和技术培训；承办全州农村水电电气和小水电代燃料项目信息系统建设、统计工作。
十二、水土保持科。负责组织协调全州水土保持工作；承担水土流失综合防治和监督管理；组织撰写和监督实施水土保持政策，组织编制水土保持规划、技术标准并监督实施；负责审查、审批生产建设项目水土保持方案并监督实施；负责水土流失监测管理工作，组织水土流失监测、预报并定期公告；负责全州水土流失重点防治功名利禄理工作，指导并监督全州重点水土保持建设项目的实施；协调全州水土保持科技工作，组织推广水土保持科研成果，指导水土保持服务体系建设。承担文山州水土保持委员办公室职责。
十三、中低产田地改造综合协调科（文山州中低产田地改造综合协调领导小组办公室）。对全州中低产田地改造和高标准农田建设中的重大问题进行调查研究和综合协调，拟定全州中低产田地改造、高标准农田建设总体规划和全州中低产田地改造和高标准农田建设项目管理考核办法；组织全州中低产田地改造和高标准农田建设年度计划编制，对各县（市）上报的中低产田地改造和高标准农田建设项目进行汇总审核并提出意见；协调领导小组成员单位抓好中低产田地改造和高标准农田建设项目的实施、跟踪检查、指导服务、统计汇总和考核验收工作；收集整理全州中低产田地改造和高标准农田建设工作情况，做好上情下达、下情上报工作。
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