办公室:协助局领导组织协调机关日常工作，对各股（室）进行综合协调，对综合性的问题组织调查研究，提供决策依据；承办会议，负责文书档案、信息、保密、宣传报道、信访工作及机关内部规章制度的建立和实施；管理机关行政工作；负责机关、直属机构、人员编制和人事干部管理（含离退休人员管理），组织实施国家公务员管理；负责专业技术职务的考核评聘等日常工作；主管本系统劳动工资，劳动保护和社会保障工作；承担局机关的财务工作；负责全县水利行业财务管理，对水利资金的使用和经营管理进行监督；对水利国有资产的保值、增值进行管理；对基层单位的经济活动，财务收支及国有资产进行审计监督，行使水利行业审计职能。承办或协调牵头办理县委、县政府和有关部门交办的其它工作；负责全县水利综合统计及干部人事统计工作；负责水利系统的党务日常工作。

工程股:负责全县水利工程建设的中、长期和近期规划；农村小（二）型及其以下水利工程建设项目的审批；配合设计单位做好骨干水利工程的前期工作和上报有关立项文件；编报年度水利工程建设和维修配套工程计划；对批准列项建设项目实行全过程的检查和验收；编制工程招标文件和概预算、决算。对全县农村人畜饮水和乡镇供水工程，小型水利工程建设质量实施监督。

水政水保股:负责全县水资源统一管理和开发利用的审批发证工作；水资源费以及水土流失防治费和水土保持设施补偿费征收；并依法处理破坏水利工程设施的案件和水事纠纷；负责水法规的宣传教育工作；承担全县水土保持工作；拟定水土保持规划，并组织实施；对生产和开发建设项目造成的水土流失进行监督检查；负责水土保持工程建设工作；负责县水土保持委员会的日常工作。

灌溉管理股:负责全县农田水利建设；负责协调县管水利工程设施的安全运行和日常维护、用水管理、水量调度、水方分配；负责全县防洪抗旱的指挥、调度、组织抢险、抢险物资的储备管理、使用和水、旱灾害统计；负责全县水利建设中历史遗留问题，伤残人员处理，移民建房处理以及工程遗留问题的处理；修改和完善水利工程管理规章制度；承办县抗旱防洪指挥部的日常工作。

灌区工程管理局办公室:负责祥云大型灌区建设的年度可研、实施方案及有关资料的上报，并组织工程建设，监督建设质量，准备竣工验收资料；制定灌区建设管理办法。

祥云县水利局是县人民政府的水行政主管部门。主要职能是：贯彻执行国家有关水利工作的方针、政策、法律、法规和规章制度；管理全县水行政事务；负责对全县水资源的发展规划和开发利用的统一管理，水土保持，防洪抗旱，工业用水，城镇供水，农业灌溉，水利工程建设，质量监督及水产品开发；管理全县农村水利和人畜饮水以及地表水、地下水的开发利用，水环境保护，水库安全。

1958年11月，祥云、弥渡、宾川三县合并称祥云县，林业分设为局，水利工作属农水科主管。1961年2月，分县后林业、农水合并为农业局，局内设水利股、排灌组。水工队单设为局下属机构。1963年12月，根据中央“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，县人民委员会决定，农业局改称农林科，水利工作属农林科主管，除水利工作队外，有5个水库管理所。1966年“文革”开始 ，1967年1月，成立中国人民解放军祥云县支左委员会，县成立生产指挥部，下设农林组，代行农林科职权。1968年10月，成立祥云县革命委员会，下设生产指挥组，水利工作由生产指挥组内的农林组主管。1970年，经县革委批准，成立祥云县农业局革命委员会，水利工作归农业局革委会主管。1976年 12月，县委决定，以县革委（76）311号文件通知，将临时机构林业、水利两个办公室撤销，农业、林业、水利分设为三个局，祥云县水利局正式成立，局内股室机构设置未正式批复。1977年，局机关实有干部、职工5人( 其中有专业技术人员2人)。1982年1月，县人民政府通知，将祥云县电力公司合并水利局，改称为祥云县水利电力局。1983年12月，机构改革后，于1984年2月，县人民政府决定，将局下属事业单位自来水公司，划归县城乡建设环境保护局主管。1996年7月，县人民政府通知，水利电力局改称祥云县水利水电局。2002年机构改革后，改称祥云县水利局。