河道采砂现场管理实行属地管理原则，由可采区所在地的县级水行政主管部门、委托的监理单位和市属全资国有公司等共同管理。市水行政主管部门进行监督检查。现场管理实行河道采运砂"广东省河砂合法来源证明"制度。
市属全资国有公司负责按照许可内容开采河砂和销售，缴纳有关税费，处理与利益相关方关系，落实通航安全评估、水上交通安全、采砂作业安全生产的主体责任。
海事部门按职责履行水上水下活动许可、非作业采砂船舶集中定点停放试点和采砂水域的水上交通安全生产监督管理工作。
航道部门按职责履行通航水域水上、水下施工作业许可和航道及其保护范围内采砂行为的监管工作。
公安、海事和水行政主管部门依法开展河道采砂联合执法工作，并与税务部门建立信息共享机制，协助税务部门依法追征偷逃税款。
审计、财政、发展和改革、监察等部门负责对河砂交易过程实施严格监管和收益评估。
