云南沉香苗期很少发生病虫害，必要时可用0.5%浓度的多菌灵及0.2%浓度的敌百虫做预防性喷施。
云南沉香病害主要有根结线虫病、幼苗枯萎病和炭疽病。防治方法是进行种植前消毒苗床或土壤处理，并合理密植。发病初期及时拔出病株并施用70%敌克松1000-1500倍液、50%多菌灵800倍液淋土壤2-3次，每次间隔7-10天。
云南沉香的虫害主要有黄野螟、天牛和金龟子。危害最大的是黄野螟。黄野螟以幼虫咬食叶子，严重时嫩枝也受危害，全株被啃食至只剩下主干。种植3年以下的云南沉香，如果不杀虫处理，植株容易死亡。防治方法最好运用农业综合防治措施，冬季浅翻土，清除树下杂物焚烧，消灭越冬蛹。危害严重时采用人工捕杀或喷施90%敌百虫1000倍液于全株。
