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甘氨酸从整体上来看是极性分子(所有氨基酸都是极性的)，它属于极性氨基酸。这是因为判断一个氨基酸的极性的依据是其R基的性质，而非整个分子。甘氨酸支链是一个氢原子把它归为烃链，属非极性。相似的，虽然其易溶于水，但属疏水氨基酸。
当然也有人认为甘氨酸的侧链介于极性与非极性之间，它的R基只是一个氢原子，对极性强的氨基和羧基影响较小。(王镜岩第三版生物化学上册127页)不过在生物中一般将其划为非极性。
