中国荷花品种资源丰富，传统品种约达200个以上，又不断有新品种涌现。荷花品种分类是以荷花人工栽培的历史演进为依据，并适当结合栽培应用的实际。种和种型是品种分类的前提，其下以株型大小为一级分类标准，花的重瓣性为二级分类标准，花色为三级分类标准。凡口径26厘米以内盆（缸）中能开花，平均花径不超过12厘米，立叶平均直径不超过24厘米、平均高不超过33厘米者为小型品种（碗莲）；凡其中某一项超过指标，即列入大、中株型品种。依用途不同可分为藕莲、子莲和花莲三大系统。根据《中国荷花品种图志》的分类标准共分为3系、5群、23类及28组。
一、大中花群：
a.单瓣类：瓣数2-20
1.单瓣红莲组如“古代莲”等。
2.单瓣粉莲组如“东湖红莲”等。
3.单瓣白莲组如“东湖白莲等。
b.复瓣类：瓣数21-590
4.复瓣粉莲组如”唐婉”等。
c.重瓣类：瓣数60-190
5.重瓣红莲组如“红千叶”等。
6.重瓣粉莲组如“落霞映雪”等。
7.重瓣白莲组如“碧莲”等。
8.重瓣洒锦组
仅见1种，即“大洒锦”。
d.重台类：
9.红台莲组仅见Ⅰ组1种，即“红台莲”（“重台莲”）。
e.千瓣类：
10.千瓣莲组仅见Ⅰ组1种即“千瓣莲”。
“千瓣莲”为荷中珍品，自古有之。其变态的花托可分成两个或两个以上的轴心，花开放时外瓣层层谢薄，内层碎瓣（即小花瓣）不断增生，并旋转成两个或多个花心。外观成双花心考称“并蒂莲”，三个花心者称“品字莲”，四个花心者称“四面莲”，多个花心者称“五子莲”、“绣球莲”等，均不结莲蓬。其实，这些都是一种“千瓣莲”的花态变异现象，不能各自成为品种。
另有种并蒂现象，即荷花的花芽在分化过程中，受到某种外界环境条件的影响，而分成两个分生中心，进而发育成两个象是双脑胎的花蕾，于是在一支花柄上并开两朵花，结一对莲蓬。此系偶然现象，亦非品种特征，不能遗传。
二、小花群：
f.单瓣类：瓣数2-200
11.单瓣红碗莲组如“火花”等。
12.单瓣粉碗莲组如“童羞面”等。
13.单瓣白碗莲组如“娃娃莲”等。
g.复瓣类：瓣数21-590
14.复瓣红碗莲组如“案头春”等。
15.复瓣粉碗莲组如“粉碗莲”等。
16.复瓣白碗莲组如“星光”等。
h.重瓣类：瓣数600~1300
17.重瓣红碗莲组如“羊城碗莲”等。
18.重瓣粉碗莲组如“小醉仙”等。
19.重瓣白碗莲组如“白雪公主”等。
三、大中花群：
i.单瓣类：
20.单瓣黄莲组如“黄莲花”。
四、大中花群：
j.单瓣类：
21.杂种单瓣红莲组
22.杂种单瓣粉莲组
23.杂种单瓣黄莲组
24.杂种单瓣复色莲组
k.复瓣类：
25.杂种复瓣白莲组
26.杂种复瓣黄莲组
五、小花群：
l.单瓣类：
27.杂种单瓣黄碗莲组
m.复瓣类：
28.杂种复瓣白碗莲组
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