清华大学与二滩公司于2009年5月签订战略合作协议。该协议中决定利用锦屏山隧道覆盖厚度国际最大的地理条件，将宇宙射线通量降至地面水平的千万分之一至亿分之一，为相关精密实验提供洁净的地下实验环境。锦屏极深地下暗物质实验室是利用其所处地四川锦屏山之前与二滩水电站一同修建的长达18公里的可通驶汽车的隧道建成，该隧道上方为厚达2500米的山体岩石，为建设需要隔绝穿透力极强的宇宙射线的极深地下暗物质实验室提供了优越的环境。另外，与其他部分由矿井改建而成的地下实验室相比，锦屏极深地下暗物质实验室的交通更为方便，研究人员与科研设备可乘车进入，不必靠电梯升降。
