播种工作完成之后，即进入日常管理阶段。
分别从浇水、施肥、病虫害防治及株型控制四个方面进行阐述。
在种苗生产过程中最重要的工作是水分管理。但是在实际工作过程中却常常由经验不多的人来做。在不恰当的时间或者用错误的方式浇水，会严重影响穴盘苗的生产。
绝对不允许穴盘苗完全干燥;反之，基质中水分过于饱和也不行，会造成根系缺氧(0-2%)
穴盘苗生产水分管理一般以子叶展开为分界线。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
而在子叶展开之后则要根据环境变化和植株长势，控制穴孔基质下半部见干见湿。你可以在浇水前挖起一部分基质，观察下半部分是否有一定的湿度。当然托起穴盘估计它的重量，以此判断基质的湿度是一种较为理想的测试方法。前提是你要有一定经验知道穴盘在不同湿度水平时的重量。也可以抬起穴盘看看穴盘底部的基质是否变干，以此决定是否补充水分。通过浇水，让10%的水渗出穴盘外，便可进入湿周期。当施肥或灌药的时候，必须浇透。而浇清水时则只需浇至水流过穴盘。
基质中的水是通过蒸发和根对水的吸收而损失的，前者在子叶展开前起主要作用;而在子叶展开之后，受到蒸腾作用所主导的根对水的吸收起到主要作用。所以这时我们要根据环境气候的变化对植物蒸腾作用的影响来判断该如何浇水。
比如遇到以下状况，水只到穴孔一半比较合适:
1、天气由晴转阴、转冷，或者温室内湿度特别高。水分蒸发较慢，蒸腾作用较低，穴盘不易变干。
2、穴孔下半部仍旧有一定湿度。
3、第二天需要对幼苗进行施肥。
育苗者在天气热的时候，用水流一半的技术，可以有效控制苗的徒长。
如果浇水次数过多，那么植物容易徒长，减少基质透气性，对根系造成损伤，从而容易感染病菌。
温室内浇水是最重要的任务，不应该一个没有经验的人去操作。浇水需要更多的是工人不断主动累计的经验而并非书面或者口头传授的知识。
关于水质方面的几点注意事项:
PH、碱度和EC。
生产用水的PH值的范围应在5.0-6.5之间，因为绝大多数营养元素和农药在此范围下是有效的，超出这个范围的有效性便会大大降低。水的碱度则代表其缓冲能力，如果碱度太低，则基质PH值会随化肥的酸碱度而大范围浮动。从而可能导致某些微量元素缺乏或中毒，如果碱度太高，也容易导致某些微量元素缺乏，如铁、硼等。EC值，一般不含肥料的灌溉水的EC值要低于1.0ms/cm，才适宜生产。高浓度可溶性盐类会降低萌发率，损伤根和根毛以及灼伤叶片。不要让穴盘中的基质太干，否则会使根系周围的盐浓度增大3-4倍。
一般对于钙镁含量很低的软水，碱度很低，需要使用含有钙镁的碱性肥，这样可以增加其缓冲能力。如果碱度较高，则不需要使用这类肥料，同时要注意用酸性化肥调节。
特别要注意的是北方某些地区，在夏季雨季来临时，地下水的硬度、PH值和EC值都会比往常明显偏高，容易降低磷肥的利用率，并导致缺铁等微量元素缺乏症出现，尤其是使用代森锰锌等含锰的广谱性杀菌剂时更要注意缺铁症的出现和防治。因为铁最容易和锰发生竞争，当基质潮湿且温度低于15°C时，PH值高于6.5，铁将不能有效地被根吸收。
育苗肥的选择
一般来说，好的商品育苗基质能够提供子叶完全展开之前所需的所有养分。由于穴盘容器小，淋洗快，基质的PH值变化快，盐分容易累计而损伤幼苗的根系。所以我们要选择品质优良而且稳定的水溶性肥料作为子叶完全展开后的养分补充。
选择肥料要重点考虑两个个因素:
1、肥料自身氮肥的组成:氮素有三种类型，对植物生长有不同的影响。
2、视地域环境状况和气候的不同，选择不同的肥料配方。
高湿度对于幼苗的不利影响在于以下方面:节间过长，茎段过细、分枝少、产生的根也少。同时，高湿度条件下根系对于钙的吸收会降低，因为环境湿度对蔬菜育苗的影响: 湿度较大，而且通风不良的条件下，容易会诱发病害。反过来，如果环境湿度过低，那么在高温、强光的环境下，植株的蒸腾作用会过于旺盛，植物通过根部吸收的水分不足补充叶片失去的水分，则气孔会关闭以保护植物不致失水过多。由于气孔的关闭，同样也阻止了二氧化碳进入植物体内，所以光合作用同样会停止，植物也将停止生长。
穴盘苗在低湿度条件下，蒸腾作用加快，促进了植物对钙镁的吸收。在缺水的状态下，气孔会关闭。停止生长，因此低湿度会使茎秆更粗壮，抗逆性更强，根系发育更好。
所以持续连阴天要防备出现缺钙缺镁症状的出现，及时用叶面进行补充。
正常叶色应该是纯绿色，若低位叶变黄说明植物养分不够或根系受伤。深绿色的叶子表示铵肥太多。浅绿色的叶子表示缺氮，铵中毒或缺镁。
穴盘苗的时间较短，所以很少受到病虫害的威胁，但是由于生长过于密集，而且数量众多，如果对环境控制不力或管理不当，也会有病虫害的问题。
对于商品苗生产者来说，整齐矮壮的穴盘苗是共同追求的目标。很多育苗者为此付出了很大的努力。最多的做法是先在育苗中期人工移苗一次，解决整齐移至的问题。如果您在之前的工作中参考了我们的建议(选择高度一致性的种子和基质，正确地填充、均匀打孔并均匀播种、浇水均匀)，那么这一工作的人工就可以大大减少。而矮壮苗的实现，很多育苗者在生产实践中会选择用化学生长调节剂的办法来调控植株的高度。我们要提醒您的是，这是一种虽然效率较高但也是比较危险的做法。首先我们不赞成在食物上使用化学激素，再次使用激素有很多的后遗症，而且对使用方法和环境条件有一定的要求。比如说矮壮素只有在叶片湿的时候才可以慢慢进入叶内，所以最好在傍晚使用才好。在植物缺水的时候一定不要使用激素，否则容易产生药害。
这里介绍几种激素以外控制株高的方法:1、负的昼夜温差(夜间温度高于白天温度3-6度，3小时以上)对控制株高非常有效,生产上的做法是尽可能降低日出前后三四个小时的温度。2、降低环境的温度、水分或相对湿度、用硝态氮肥来取代铵态氮肥和尿素态肥，或整体上降低肥料的使用量，增加光照等方法都可以抑制植物的生长。3、另外还有一些机械的方法如拨动法、振动法和增加空气流动法，都可以抑制植物的长高。例如每天对番茄植株拨动几次，可使株高明显下降，这种做法要注意比避免损伤叶片，辣椒等叶片容易受伤的作物就不适合这样做。
当然如果您使用激素特别是矮壮素过度，导致药害出现。除去喷施相反作用的激素来解除药效之外，并适当增加水分和铵态氮来促进生长之外，可以尝试用叶面喷施海藻精的办法，会收到明显的效果。
若位于基质外侧和穴盘地部的根长的细长，通常被称为水根，这表明浇水过度，基质不透气。即使根毛产生，遇到高盐和干旱情况，它还会损失，根毛的损失会阻止幼苗的生长，移栽后延长缓苗期，并容易感染病菌导致根系腐烂 。
