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瓣蕊花科一般认为和木兰科、单心木兰科和番荔枝科有联系。因此,即使在定义较狭的木兰目中,它们也仍被保留。不过,本科每心皮通常只具单1胚珠,这一特征在木兰目中比较特殊,而与樟目(Laurales)相似。和木兰目中其他各科一样,本科也代表了一个孤立进化死支,和其他各科均无密切联系。