1、水利工程质量控制意识薄弱
水利工程质量控制意识的薄弱是目前水利工程建设中存在的突出问题。虽然国家就水利工程的建设问题分类制定了详细的质量规范标准，并以法律和技术标准的形式将其一一列出。但是不少水利建设部门及相关工程建设人员对水利工程质量控制意识非常薄弱，常常是按经验进行相关工作，无视水利工程建设的法律和规范的要求。一些水利工程建设单位为了赶工期而忽视技术规范要求和既定工序，给水利工程的最终质量埋下了隐患。还有一些单位将自己的水利工程进行了单元分包，且对其管理不到位，造成偷工减料、工序混乱等严重情况。这些充分说明对水利工程的质量管理和控制意识很薄弱，急需提高，意识的浅显疏忽对水利工程整体质量的威胁和危险极大。
2、水利工程前期准备工作存在缺陷
随着水利工程数量的增多和规模的增大，很多水利工程的前期准备工作不足。这主要表现在以下几个方面：
①在进行建设前，缺乏合理有效的工程规划。
②由于种种原因，没有进行细致的工程勘察工作，有的虽然进行了工程勘察工作，但是未达到工程建设的要求。
③水利工程进行设计时，考虑不够全面，设计中存在错误且其深度难以满足建设要求。
④没有对相关单位的设计回复进行修改，或者设计单位进行了修改但是施工单位没有执行。这些前期工作的不足，使水利工程的建设中将面对更多的困难，可能会导致更多质量问题的出现，应该充分引起建设过程的重视。
3、水利工程资金管理科学性不强
资金对于水利工程的建设极为重要，是水利工程顺利进行的物质保障。对其进行科学的管理和分配，在达到控制成本目标的同时，对工程质量的控制也有积极的作用。但是现在很多水利工程建设单位对资金的管理缺乏科学性。最常见的例子的就是很多水利工程建设单位没有完善的工程预算制度，单位进行建设工作没有依据预算开展，对于预算内容常常进行随意的更改，使工程预算工作毫为意义，工程资金使用的合理性难以保证。
4、水利工程质量监督的力度不足
水利工程是多专业、多工种、多材料和设备种类的复合型工程。在对其进行工程质量监督时，涉及到多部门，多行业的联合工作。但是目前的水利工程质量监督工作中，各单位的职责分工不明确，且其工作人员的素质往往不高，使得监督工作的效果大打折扣。有些地方使用的是单一的实物质量监督，这虽然对单一工程的质量控制大有益处，但是使得工程的监督缺乏全面性，难以适应时代发展对水利工程质量监督的要求。
5、水利工程工程质量检测不到位
水利工程工程质量检测是保证水利工程质量的有效措施。但是目前一些建设单位由于在资金、人员和技术方面的投入的不够，造成水利工程质量检测的不到位。具体到实际工作中，就是从事检测工作的人员综素质不高，使用的仪器、设备、方法落后，且相关部门没有完善的检测标准，这些均造成了水利工程工程质量检测往往只是进行目测，难以起到为水利工程质量把关的目的。
