有关统计显示，松花江干流的年均运输量在千万吨以上，其中大顶子山枢纽附近的水运量约占三成。然而，由于上游工农业用水量大幅增长及自然、人为多重因素影响，松花江哈尔滨段的断航期逐年增加，通航期仅有100天左右。大顶子山航电枢纽建成后，可渠化上游139公里航道，使水位常年保持在116.0米左右。哈尔滨至沙河子段的航道将达到三级航道标准，通航保证率达到95%，使航运期提高到210天左右。至此，千吨船队将彻底告别"枯水苦"，畅行松花江。据工程有关负责人介绍，大顶子山航电枢纽工程的建成，将为打造"水上运输线"，使鹤岗、依兰、沙河子煤炭上行至哈市，形成吉林大安等沿江地带的煤炭专线，以及粮食、木材等专线，推动"江海联运"尽快形成规模等起到重要作用。
