Acetyl-CoA + 3 NAD + FAD + GDP + Pi + 2 H2O →CoA-SH + 3 NADH + 2 H + FADH2 + GTP + 2 CO2
两个碳原子以CO2的形式离开循环。循环最后草酰乙酸会再次生成，再次从乙酰辅酶A中得到两个碳原子。就是说，一分子六碳化合物(柠檬酸)经过多部反应分解成一分子四碳化合物(草酰乙酸)。草酰乙酸会在接下来的反应中遵循同样的途径获得两个碳原子，再次成为柠檬酸。
能量会在接下来的其中一步反应里以GTP的形式释放(和ATP一样，是细胞的能量货币)。但是循环中生成的氢载体(NADH + H and FADH2)将会在细胞呼吸链里释放更多的能量 ，这也正是细胞呼吸的主要目的。柠檬酸循环的前提是，早先进行的糖酵解等过程能提供足够的活化乙酸，以乙酰辅酶A的形式出现在循环。NADH + H 和 FADH2是辅酶，它们能携带质子和电子，并在需要的时候释放它们。
循环中产生的总能量为一分子ATP(准确来说是:GTP)，而细胞呼吸的全部四步反应(包括呼吸链中的内呼吸)，一个葡萄糖分子则产生38分子的ATP。(38的数目是理想化化学计算的结果，实测此数字约为32，如进行苹果酸穿梭则再-2.(32或30))
以上计算结果(32或30个ATP)是按照最新的研究成果:一个FADH2可以产生1.5个ATP，一个NADH2可以产生2.5个ATP。
