应用RAPD分子标记技术，对山楂海棠的分类地位进行了探讨。根据RAPD分子标记聚类分析，将14份苹果材料分为5类，8份山楂材料分为4类，山楂海棠的亲缘关系位于山楂和苹果之间，但与苹果较近，认为山楂海棠可能是苹果和山楂的属间杂交种。全世界苹果属植物共有35个种，中国原产及自然分布的有24个种。原产于吉林省长白山区的山楂海棠(Maluskomarovii)是苹果属35个种中的一个野生种，在分类学上被划归为陇东海棠系。苹果属植物中除山楂海棠外的34个种在世界上均有较广泛的分布，且资源数量较多，唯有山楂海棠仅在中国吉林省长白山区有零星分布,并处于濒临灭绝状态，现已被列为中国一类保护植物，并在长白山建立了山楂海棠原生境保护点，以加强其资源保护。张冰冰等人研究结果表明，山楂海棠植株能抗-45℃低温，属于高抗寒的种质资源,同时还鉴定出山楂海棠高抗苹果腐烂病。