矮牵牛抗病性较强，较少发生病虫害，常见的病虫害有以下几种。
症状，苗期猝倒病是指由腐霉属、疫霉属、丝核属等真菌引起的苗期植物病害。可影响幼苗生长，严重时造成缺苗甚至毁种。不同种类的真菌引起症状不同。腐霉属和疫霉属侵染幼苗的茎基部呈水渍状暗色斑，继而绕茎扩展，逐渐缢缩呈细线状，有时子叶尚未表现症状就已倒伏，故名猝倒。由丝核菌引起的苗病称为立枯病，受害幼苗茎基部产生褐色病斑，逐渐使幼茎萎缩直至幼苗枯死，一般不立即倒伏。受侵染子叶也可产生褐色不规则形的病斑。苗床湿度大时，病残体及周围床土上常密生白色绵絮状菌丝。
防治方法，可用75%的百菌清可湿性粉剂600倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂400-600倍液浇灌，每平方米用2-3L，隔7-10天浇1次，视病情防治1~2次。
症状，该病是由灰葡萄孢菌的真菌侵染所引起的。病菌在病残体和土壤内越冬和越夏。主要侵染叶片、嫩茎和花器等部位。发病初期，病部出现水渍状斑点随后扩大，病组织变成褐色至黑色并腐烂，后期表面形成灰色至灰褐色霉层。温室气温在20℃左右、空气湿度大的条件下，发病最严重。病菌借风雨传播，尤以雨后天气转晴时传播迅速。发病严重时叶片烂腐、花器萎蔫，病部长出大量灰褐色霉层，一片狼藉。
防治方法，注意光照和通风，把相对湿度控制在80%以下，雨后及时排水、放风，严防湿气长时间滞留可减轻发病。化学防治可选用50%多菌灵500-800倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液，50%的农利灵可湿性粉剂600倍液，50%扑海因可湿性粉剂1000倍液或20%速克灵可湿性粉剂1500倍液，65%甲霉灵（硫菌霉威、万霉灵1号）可湿性粉剂1000倍液，50%多霉威（万霉灵2号）可湿性粉剂800倍液喷洒防治。
症状，侵染矮牵牛的病毒常见的有芜菁花叶病毒、烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒，引起矮牵牛花叶黄化，受病叶片上产生黄色斑驳和大型坏死斑。另外，由蚕豆萎蔫病毒引起的斑萎病、由翠菊黄化植原体引起的黄化病以及矮牵牛黄斑驳病毒、矮牵牛星状花叶病毒和矮牵牛明脉病毒等10多种也见诸报道。病毒病通常由传毒昆虫蚜虫、飞虱等传播。花叶型病毒病可以通过汁液摩擦或人为接触传毒。
防治方法，防治传毒媒介，消灭蚜虫、叶蝉、线虫；发现病株及时拔除并烧毁，防止人为地摩擦传毒，接触过病株的手和工具都要及时洗净消毒。
症状，红蜘蛛刺吸茎叶，使受害部位水分减少，失绿变白，叶表面呈现密集苍白的小斑点，卷曲发黄。严重时植株发生黄叶、焦叶、卷叶、落叶和死亡等现象。
防治方法，注意保护和利用瓢虫、草蛉等天敌来控制红蜘蛛的发生。药物可选择1.8%阿维菌素乳油、20%哒螨灵可湿性粉剂、50%马拉硫磷乳油等喷雾防治。为了避免害虫产生抗药性，应交替用药或混合施药。
症状，粉虱的成虫和幼虫都以口针刺吸植物叶背组织内的汁液，致使叶片褪色、变黄、凋萎直至干枯，严重时整株死亡。除卵以外，各虫态均能分泌蜜露，堆积于叶片和嫩枝表面，引发煤污病。粉虱也是病毒病的主要传播媒介。
防治方法，物理防治可利用白粉虱对黄色敏感，有强烈趋性，在温室内设置黄板诱杀成虫。化学药剂可选用10%吡虫啉可湿性粉剂和10%的蚜虱净喷雾防治。
症状，蚜虫也是刺吸式口器的害虫，常群集于叶片、嫩茎、花蕾、顶芽等部位，刺吸汁液，使叶片皱缩、卷曲、畸形，严重时引起枝叶枯萎甚至整株死亡。
防治方法，可用10%的蚜虱净60-70g；20%的吡虫啉2500倍液；50%的抗蚜威3000倍液、3%啶虫脒乳油、4.5%高效氯氰菊酯乳油喷雾防治。
