黄花酢浆草是多年生草本植物，株高5-10厘米。根茎匍匐，具块茎，地上茎短缩不明显或无地上茎，基部具褐色膜质鳞片。叶多数，基生；无托叶；叶柄长3-6厘米，基部具关节；小叶3，倒心形，长约2厘米，宽2-2.5厘米，先端深凹陷，基部楔形，两面被柔毛，具紫斑。伞形花序基生，明显长于叶，总花梗被柔毛；苞片狭披针形，长2.5-4毫米，宽约1毫米，先端急尖；花梗与苞片近等长或稍长，被柔毛，下垂；萼片披针形，长4.5-6毫米，宽1.5-2毫米，先端急尖，边缘白色膜质，具缘毛；花瓣黄色，宽倒卵形，长为萼片的4-5倍，先端圆形、微凹，基部具爪；雄蕊10，2轮，内轮长为外轮的2倍，花丝基部合生；子房被柔毛。蒴果圆柱形，被柔毛。种子卵形。
