1、恰当运用政府行为纠正违法减少损失。

对政府自行减免的行政性收费，由于违法主体是一级政府，并与政府制定的政策有关，因此，在纠正违法问题时，审计决定应明确要求当地政府立即废止不当规定，对这种带有普遍性、区域性的违法问题从根上加以消除。对以前年度减免形成的损失或者拨款体制不顺造成的违法问题，审计机关可以下达审计建议书要求当地政府依照有关规定制定整改措施， 自行纠正，审计机关则监督其整改措施的落实。这不仅是审计机关间接处理违法问题的一种重要方式，同时也是审计处理中规避审计风险的一种有效措施。间接处理与直接处理违法问题的优势在于：一是有利于体制性问题的解决。审计机关是监督部门，不可能代替被审计单位的行政或者经营管理。例如我省部分主管部门截留坐支应当上缴上级主管部门的专项基金问题，审计决定要求补缴应缴上级的收入，从审计决定执行结果看，不仅难以执行，并且这类问题今后也难以杜绝。现行的拨款体制是一些行政性收费采取先上缴同级财政后，由财政部门按照一定的比例返拨经费，由于同级财政经常会出现拨款不及时或不足额，收费部门为了维持工作的开展，导致截留坐支应缴上级收入的现象难以杜绝。审计决定只要求补缴欠缴的上级收入，并解决不了继续截留坐支问题。

各级政府应将这类收费部门的正常经费纳入同级财政预算并及时拨付，确保专项事业的健康发展，这样才能从根本上解决收费部门截留坐支上级收入的违法问题。总之，审计机关应通过审计工作，促进当地体制性问题的解决，其产生的社会效应将是难以估量的。二是有利于解决遗留问题。政策性问题的解决往往涉及政府有关部门较多，由政府主管领导或主管部门协调有关政府部门制定并落实整改措施，有利于按照当地的实际情况解决遗留问题，做好善后处理，尽量减少损失。如，某市为加强城市建设工作，设立了城建开发办，可直接向开发商收取土地出让金。审计决定要求该市开发办停止收费。根据《行政许可法》的规定，由于开发办没有收费的行政许可，按审计决定的要求，该市开发办停止了一切收费。收费停止后，原有的将收费上缴财政后，由财政反拨经费的经费来源渠道只能中断，同时又涉及职能的调整和现有工作人员的安置，以及停止收费前发生的收费业务及带来的一些相关问题移交有关部门处理的事项等，都需要当地政府妥善安排。审计决定只提出停止收费的要求，却无法规定停止收费后的善后工作如何进行。既然审计机关的执法监督代替不了被审计单位的行政管理，将违法问题的直接处理改为间接处理，将应当解决并能够解决的问题交给被审计单位去解决，并监督问题解决的结果，会收到事半功倍的效果。

2.灵活处理合理不合法的问题。

依法审计依法处理是审计工作必须遵循的规则，但在审计实践中因法律法规的滞后性使得审计机关经常面对查出合理不合法的问题，如何处理，可以按照一个分析两个区别的方法来解决。首先，深入分析问题产生的客观原因。如前文所述关于单位向个人购买农副产品的情况，这本是市场经济条件下常见的一种交易方式，是允许的，如果因为没有正式发票，不允许用自制凭证入账，那么就等于单位不得向个人购买农副产品。既然允许单位向个人购买农副产品，那么就应当对这种经济行为产生的后果做出合理的判断。做到两个区别，第一，应将正常业务往来与故意违法违规区别开来；第二，应将从实际出发实事求是处理问题与有法不依区别开来。为此，对这类问题的审计，重点应放在被审计单位的内部控制制度是否健全有效上，有什么问题就纠正什么问题，没有必要在审计决定中再要求被审计单位取得正式发票后入账。同时，审计机关还应积极向有关部门建议修改有关规定，为经济立法提供依据。

3.建立审计决定的评估机制。

审计机关在做出审计决定时，应对拟定的审计决定是否具备执行条件和产生的后果做出必要的评估，对于通过下达审计决定仍难以解决的违法问题，应当寻求其他可行的办法来解决。审计处理应当注意其效果和效应，审计效果和效应的最大化可以作为审计决定评估的主要目标，其出发点和落脚点都要建立在增强审计决定的可操作性，促进问题的解决。因此，不论是政策性、体制性问题，还是合理不合法问题，审计机关在做出处理决定时，确有必要考虑将要做出的决定是否有利于被审计单位完善自我约束机制，是否有利于被审计单位消除违法问题产生的根源，最终达到标本兼治。