水利工程经济是一门运用工程经济学基本原理，结合水利工程实际，对水利工程进行经济评价、方案比较及其他技术经济分析，以达到资源（包括自然资源、资金和劳动等）合理利用的交叉学科。工程经济学本身也是一门交叉学科，它是工程学与经济学结合而形成的交叉学科。工程经济学以一般的工程项目为对象，运用一系列定量的经济分析方法，研究工程技术实践活动的经济效果，实现资源的有效利用。工程经济学原理可与各类具体工程结合，形成各类工程经济交叉学科，如交通工程经济、建筑工程经济等。水利工程经济是工程经济与水利工程相结合而形成的一门交叉学科，是工程经济学基本原理在水利工程项目经济分析中的应用。

按照水利开发目标，分防洪工程经济、治涝工程经济、灌溉工程经济、水力发电工程经济、工业和城乡供水工程经济、航运工程经济、水土保持工程经济、水利旅游经济、水产养殖经济等。主要内容包括：水利建设项目的费用和效益分析，水利建设项目影子价格的测算，水利建设项目的经济评价，水利建设项目的区域经济和宏观经济影响分析和社会评价，水利项目建设方案比选、水利建设项目经济效果不确定性分析、综合利用水利工程的投资费用分摊，水利建设项目后评价等。