1965年，云南农业劳动大学农学系设立农田水利专业。
1966年5月，成立水利系，设水利水电工程建筑本科专业，是云南省第一个水利水电高等教育系科。
1993年，由水利系与农业机械工程系合并成立云南农业大学工程技术学院。
1998年，设立农业水土工程二级学科硕士点。
2001年，在原工程技术学院水利与土木工程系的基础上，成立云南农业大学水利水电与建筑学院。
2010年，设立农业工程一级学科硕士点和农业工程领域工程硕士专业学位点。
2011年，设立农业水工建筑二级学科硕士点。
2012年9月，学院水利水电工程专业遴选2012云南省卓越工程师教育培养计划建设项，云南省土地资源利用与保护工程实验室挂牌成立。
2013年11月，更名为云南农业大学水利学院。
2017年，设立资源与环境遥感二级学科硕士点。 
