1974年4月，由交通部批准，将天津港回淤研究站和交通部西南水利水运科学研究所合并，成立交通部天津水运工程科学研究所。

1979年7月1，经第一次党员大会选举，交通部天津水运工程科学研究所产生了第一届党委会，实行党委领导下的所长分工负责制。

1980年，《水道港口》创刊。

1982年7月，经天津市政府同意，交通部天津水运工程科学研究所成为驻津单位。

1987年7月，交通部天津水运工程科学研究所实行所长负责制。

1992年9月，经交通部批准，交通部天津水运工程科学研究所由处级单位升为副局级单位。

2000年，根据国务院文件，交通部天津水运工程科学研究所继续保留科研事业单位性质，暂由交通部管理。

2007年4月，经交通部批准，交通部天津水运工程科学研究所更名为交通部天津水运工程科学研究院。

2008年6月，交通部天津水运工程科学研究院博士后工作站成立。

2010年1月，交通部天津水运工程科学研究院更名为交通运输部天津水运工程科学研究院。

2011年7月，经交通运输部批准，交通运输部天津水运工程科学研究院由副局级单位升格为正局级事业单位。