根据上述职责，周宁县水利局设6个内设机构：

（一）办公室

综合协调局机关和直属单位工作，督促重大事项的落实；承办文秘、会务、档案、保密、信访、政务公开、保卫工作；负责局机关内部有关制度建设；管理局机关行政事务。负责局机关和直属单位的机构编制、人事、离退休干部管理等工作。组织开展水利行业安全生产检查和专项督查；组织、参与水利安全事故的查处；编制部门预决算，承担局机关并指导直属单位的财务管理工作；承担水利综合统计；研究提出有关水利的造价、价格、收费、信贷等建议；承担国有资产的监督管理工作。

（二）水利建设与管理股

指导全县主要河流的治理与开发，组织县级水利工程的建设和验收；审查县管水利工程项目的初步设计文件，并按国家规定的基本建设程序办理报批手续；组织指导城乡防洪排涝工程建设；指导水利工程建设管理，指导水利建设市场的监督管理。组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导溪河和水利枢纽工程防洪、排涝及安全运行管理；组织实施县管水库、堤防及水闸除险加固和技术改造。参与拟订全县农村水利发展规划；组织协调全县农田水利基本建设；组织实施农田水利、农村饮水安全、节水灌溉、乡镇供水、灌区及泵站改造、雨水集蓄利用、水利化县建设与管理工作；参与拟订节水型农村水利发展目标和计划，组织实施灌区的管理、更新改造和续建配套工作，指导农村水利社会化服务体系建设。组织指导水库、大坝的安全监管；组织实施水利工程安全生产；组织指导水利工程安全生产事故预案编制。

（三）水政水资源股（审批股）

组织指导水政监察和水行政执法，负责乡镇间和部门间水事纠纷调处的有关工作；组织实施取水许可、水资源有偿使用和水资源论证制度；组织编制全县水资源保护规划及水功能区划并监督实施，负责水域纳污能力核定并提出限制排污总量的建议；组织开展饮用水水源保护工作，负责管理地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作；组织开展计划用水、节约用水、节水型社会建设工作；组织编制河道采砂规划，监督管理河道采砂工作，指导河道采砂的安全监管。宣传贯彻执行水利法律、法规、政府规章；指导水利行业行政许可工作并监督检查；承担局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；承担水利政策法规的咨询和宣传；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作。

负责拟订全县水利发展战略和中长期规划，组织编制全县重大水利综合规划、区域规划，对重大水利建设项目是否符合流域综合规划提出审查意见；承办取水许可。负责县级涉水工程项目的审查审批，水工程建设项目流域综合规划审查，水工程建设项目防洪规划同意书，水土保持方案审批，建设项目水资源论证报告书审批，河道、防洪堤管理范围内工程建设方案审查，水库大坝安全鉴定意见审定，入河排污口设置同意，占用农业灌溉水源、灌排工程设施审批，水库工程度汛方案、汛期调度运用计划审批，县管在建水电工程度汛方案审批，兴建、扩建、改建水工程和与水资源有关的建设项目的建设方案和设计文件审查，以及水能资源开发使用权方案审核等行政许可和非行政许可审批事项；承办县管开发建设项目水土保持方案审查工作。

（四）农村电气化股

组织指导水能资源调查、评价工作，指导全县水能资源开发利用管理工作；负责组织编制全县流域水能资源开发利用规划，对开发利用提出审查意见；负责拟订农村电气化和小水电代燃料发展规划；组织指导全县农村电气化和小水电代燃料工作；承担1000千瓦以下水电站建设行政管理；指导水利行业的水电管理。指导水电站大坝的安全综合监管；组织实施在建水电工程安全生产监督工作。

（五）水土保持办公室

承担县水土保持委员会的日常工作，负责宣传贯彻水土保持法律法规，组织全县水土保持工作，组织开展水土流失综合治理工作；组织编制水土保持规划，开展水土流失监测；监督检查辖区内开发建设项目水土保持方案的实施，开展开发建设项目水土保持设施验收工作。

（六）县人民政府防汛抗旱指挥部办公室

承担县政府防汛抗旱指挥部的日常工作。组织、协调、监督、指挥全县防汛抗旱工作，按照县人民政府防汛抗旱指挥部的指示，统一调控和调度汛限以上全县水利、水电设施的水量，编制县防汛抗旱应急预案并组织实施。指导水利突发公共事件的应急管理工作。