1953年，“哈军工”海军工程系的海道测量与领航设备教研室和舰船电气设备教研室创建。

1955年，船电专业开始招生。

1960年，电气设备专科内筹建“舰艇导弹发射装置”专业。

1965年，开始招收硕士研究生。

1970年，成立自动控制系，在发射装置专业及减摇鳍科研组的基础上，形成武器及船舶船舶控制的自动控制性质的专业——“舰船武器装备自动控制”专业。

1975年10月，六机部决定401、403专业合并，并将船电专业名称改为“船舶及船厂电气化自动化”专业。

1981年，国务院学位委员会第一批批准哈船院“陀螺导航设备”专业有硕士学位授予权。

1986年2月，根据中国船舶工业总公司文件，增设“工业电气自动化”本科专业

1990年，获批“控制理论与控制工程”国家二级博士点授予权学科。

1991年7月，国家教委批准船院32个本科专业，其中包括工业电气自动化，自动控制等本科专业。

1993年，获批“导航、制导与控制”国家二级博士点授予权学科。

1998年，由原哈尔滨船舶工程学院的自动控制系、航天工程系导弹控制专业和系统工程研究室组建成立自动化学院。获批“控制科学与工程”国家一级博士点授予权学科和一级学科博士后科研流动站。

2001年，“导航、制导与控制”获批国家重点学科。

2020年9月，自动化学院正式更名为智能科学与工程学院。

2021年3月，学院测控技术与仪器专业和电气工程及其自动化专业入选国家一流本科专业建设点名单，探测制导与控制技术专业入选省级一流本科专业建设点名单。