四川农业大学土木工程学院其历史最早可以追溯到二十世纪50年代的四川农学院和灌县林业学校。
四川农业大学城乡建设学院
二十世纪50年代，学校森林工程系开设的森林采伐与运输专业。
二十世纪80年代，又开设了土木工程专业。
二十世纪90年代，开设农业建筑与环境能源工程等专业。
2005年，经学校批准成立城乡建设学院。
四川省林业学校
1953年，教育部、农业部、林业部联合制定《中等农业技术学校调整的原则》，由大区制定具体调整方案，按照专一化、单一化，分期进行调整。成都农校森林科与其他6校的森林科391人集中调到灌县，建立灌县林业学校；后更名为四川省林业学校。
2001年4月，四川省林业学校整体并入四川农业大学设立都江堰分校。
2009年11月，更名为四川农业大学都江堰校区。
2012年12月，土木工程被列为四川省卓越工程师教育培养首批试点专业。
2014年3月，学校党委决定，撤销城乡建设学院，新组建土木工程学院，成为四川农业大二级学院。
