在调查范围的两端、调查范围内重点保护水域及蕈点保护对象附近的水域、水文特征突然变化处（如支流汇入处等）、水质急剧变化处（如污水排入处等）、重点水上构筑物（如取水口、桥梁涵洞）等附近、水文站附近等应布设取样断面。还应适当考虑拟进行水质预测的地点。在建设项目拟建排污口上游500m处应设置一个取样断面。
1.断面上取样垂线的确定。断面上取样垂线设置的主要依据为河宽。当河流断面形状为矩形或相近于矩形时，可按下列方法布设取样垂线。
小河：在取样断面的主流线上设一条取样垂线。
大河、中河：河宽小50m者，在取样断面上各距岸边1/3水面宽处，设一条取样垂线（垂线应设在明显水流处），共设两条取样垂线；河宽大于50m者，在取样断面的主流线上及距两岸不小于0.5m，并有明显水流的地方各设一条取样垂线，即共设三条取样垂线。
特大河（例如长江、黄河、珠江、黑龙江、淮河、松花江、海河等）：由于河流较宽，取样断面上的取样垂线数应适当增加，而且主流线两侧的垂线数目不必相等，拟设有排污口的一侧可以多一些。如断面形状十分不规则时，应结合主流线的位置，适当调整取样垂线的位置和数目。
2.垂线上取样点的确定。垂线上取样点设置的主要依据为水深。在一条垂线上，水深大于5m，在水面下0.5m处及在距河底0.5m处，各取样一个；水深1～5m时，只在水面下0.5m处取一个样；在水深不足1m时，取样点距水面不应小于0.3m，距河底也不应小于0.3m。对于三级评价的小河，不论河水深浅，只在一条垂线上一个点取一个样，一般情况下取样点应在水面下0.5m处，距河底也不应小于0.3m。
一级评价：每个取样点的水样均应分析，不取混合样。
二级评价：需要预测混合过程段水质的场合，每次应将该段内各取样断面中每条垂线上的水样混合成一个水样。其他情况每个取样断面每次只取一个混合水样，即将断面上各处所取水样混匀成一个水样。
三级评价原则上只取断面混合水样。
1.在所规定的不同规模河流、不同评价等级的调查时期中，每个水期调查一次，每次调查3～4d，至少有一天对所有已选定的水质因子取样分析，其他天数根据预测需要，配合水文测量对拟预测的水质因子取样。
2.在不预测水温时，只在采样时测水温；在预测水温时，要测日水温的变化情况，一般可采用每隔6h测一次的方法并分析计算日平均水温。
3.一般情况，每天每个水质因子只取一个样，在水质变化很大时，应采用每间隔一定时间采样一次的方法。
