安徽建工集团组建于1952年，前身是国营安徽省建筑工程公司、安徽省建筑工程局，1983年易名为徽省建筑工程总公司，1996年经省政府批准成立安徽建工集团有限公司，授权经营集团全部国有资产。2003年以来，集团公司按照“脱胎换骨，二次创业”的总体思路，进行了改革改制。通过实施减员，减债，减负，剥离，调整，产权多元化，打造新型企业文化，建立现代企业制度，职工在册人数由近3万人降至9000多人，关停了多年亏损的7家子公司和分公司，分离了30多家孙公司，将集团所办中小学、公安处及7000余名退休人员移交社会管理，妥善处置了内外债务6亿多元，资产质量明显改善，经营成本逐步降低，经济效益显著提高，企业实力不断增强，连续五年实现了跨越式发展。产值年均增幅45%，利润年均增幅80%。

2007年3月，经安徽省人民政府批准，安徽建工集团与安徽省路桥集团实现了战略性重组，强强联合，优势互补，使集团规模扩大，资源聚集，产业集中度提高，市场竞争力大幅增强，为做强做大奠定了坚实的基础。进入2008年，在建和签约工程已达130亿元人民币。

2011年5月4日，经安徽省人民政府同意，将安徽省水利建筑工程总公司的全部国有产权整体划拨给安徽建工集团有限公司。