根据上述职责，县环境保护局机关内设5个职能股（室）。
（一）办公室
负责局机关政务综合协调和监督检查；协助局领导组织协调机关日常工作；协调局领导公务活动；拟定局机关年度工作计划、工作总结及规章制度并监督执行；负责局机关文电、档案、密码、印章、机要、保密、电子政务、政务公开、信息安全、综合性会议的组织工作；审核以局名义对外发布的公报、文件及重要文献；组织编报政务信息专报；负责政务信息工作；负责机关后勤工作，组织公务接待工作；负责全局干部人事、综治、信访、计生等工作，承办公众环境信访举报登记工作，承办县人大、政协有关环境保护的建议、提案；负责全局的机构编制、劳动工资、专业技术资格与职称评聘等管理工作；负责局机关、下属单位年度考核、工资晋升工作；负责全局岗位培训和继续教育工作；负责全局机关离退休老干部服务管理工作；负责重大污染事故和跨区域性环境污染纠纷情况通报、联络工作；负责局机关财务管理、各项经费会计核算和资产管理工作；监督管理下属单位国有资产、财务审计工作；起草财务、国有资产管理等方面的部门制度，并监督执行；负责全县环境信息网络系统建设、业务建设和技术管理工作；负责全县环保网站的建设及信息发布工作；负责全局计算机的安全运行与维护工作；负责环保业务学习和培训工作；负责局机关和下属单位的党建及群团工作；负责组织精神文明创建工作；承担本部门所有行政审批事项的统一受理行政许可申请和统一送达行政许可决定的职责；负责本部门其他审批事项的转交审批或审批联络工作等；承担县政府环境保护委员会办公室的日常工作。
（二）环境影响评价股
贯彻执行国家、省和市建设项目环境管理的政策、法规；负责监督全县建设项目环境管理、环境监测等方面的技术标准和技术规范实施；负责从源头上预防、控制环境污染和生态破坏；按权限参与审核本县国土规划、城县规划及区域开发规划。组织实施环境功能区划和环境保护规划编制及实施工作；负责审批建设项目的环境影响评价文件；负责环境影响后评价工作；负责对建设项目施工期环境监理的监督检查；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；负责制定全县环境保护规划；参与审核城市整体规划中的环境保护内容和制定国民经济与社会发展规划；负责县局审批的建设项目竣工环境保护验收；负责对建设项目施工期环境监理的监督检查；负责组织实施环境保护社会宣传教育工作；组织环境保护科技攻关、重大技术工程示范、重大科技问题研究和新型环境问题风险评估，管理环境保护科技成果、环保产品认定和环境标志认证工作；配合省、市环保部门组织实施环境保护资质认可制度，指导和推动环境保护产业发展；负责环保技术的咨询、开发和利用工作；组织开展环境保护执法检查工作和各项环境管理制度、政策、法规、规章的监督实施；负责对全县排污收费的稽查工作。
（三）污染防治股
贯彻执行国家和省大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治法律、法规和规章；监督管理饮用水水源地环境保护工作；负责监督管理全县的污染源防治工作，建立健全污染源档案；负责重点污染源限期治理及限期整改项目治理方案的审查、监督及竣工验收；负责环境污染事故的应急处置工作；负责危险废物经营许可，监督危险废物转移、处置；协助做好上报可用作原料的废物进出口许可工作；负责县本级城市环境综合整治定量考核工作的组织和实施；组织实施大气、噪声、机动车污染防治和相关环境功能区划工作；组织拟定全县重要饮用水源地、重点区域、流域、地下水污染防治规划并监督实施；承担环境保护科技工作；负责环保治理项目的设计队伍、施工队伍和环保产品的资质审查；负责辐射的环境管理和污染防治工作；编制县级环境治理项目贷款计划、环保补助资金计划；拟定县本级环境保护项目投资计划，并监督执行；参与指导和推动清洁生产循环经济等相关工作；负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作。
（四）自然生态保护股
组织拟订全县生态保护和农村土壤污染防治规划，协调并监督相关部门开展生态保护工作；组织编制县级自然保护区建设规划；协调做好各类省级、国家级自然保护区的申报工作；指导、协调、监督本级自然保护区、风景名胜区环境保护工作；负责监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护和荒漠化防治；牵头负责生物多样性保护、生物物种资源（含生物遗传资源）和生物安全管理工作；组织开展全县生态状况评估；组织协调农村环境保护工作，组织指导农村环境综合整治工作，指导生态示范建设与生态农业建设；监督管理农村土壤污染防治工作。
（五）污染物排放总量控制股（环境监测股）
承担落实我县减排目标的责任，承担县污染减排工作领导小组办公室的日常工作；负责污染减排工程运行监督工作；组织测算并确定重点区域、流域的环境容量；组织编制全县总量控制计划，提出污染物总量控制的数量及对重点企业的控制指标；负责污染物排放许可证审批和发放；建立和组织实施总量减排责任制考核制度；负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标；负责落实财政、税收、贸易、信贷、证券、保险、价格、收费等领域的环境经济政策，负责排污权交易工作；负责环境统计和污染源普查数据更新工作。组织编制并发布环境统计年报和统计报告；负责建立和实行环境质量公告制度，组织编报全县环境质量报告书，组织编制和发布全县环境状况公报。
领导分工：
局长：陈建锋
党支部书记：张宝泉
副局长：钟定文、李莉
行政审批：
一、建设项目环境影响评价报告
二、环境保护设施验收合格证
三、排污申报登记及排污许可证
