列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN）2010年 ver 3.1——易危（VU）。
列入《中国生物多样性红色名录-高等植物卷》2013年9月2日——易危（VU）。
列入《中国国家重点保护野生植物》（第一批）1999年8月4日——Ⅱ级。
巴山榧树分布区范围日益缩小，零星分布于秦岭南坡、大巴山、邛崃山、大娄山、巫山、武陵山、大别山等海拔800-2700米的亚热带山区常绿阔叶林、针阔叶混交林、常绿落叶阔叶混交林或灌丛中，已处于易危状态，加强巴山榧树的保护迫在眉睫。
巴山榧树开花结实率低，幼苗极少，种群自然更新能力差。巴山榧树分布点人类活动频繁，不少种群出现在农田附近，如南川金佛山周家石窖、巫山骡坪徐家沟、城口双河龙洞湾、万源梨树王家大湾、略阳何家岩紫竹山、武都洛塘大山沟种群，人为影响较大，生境遭到严重破坏。由于人类活动的影响加剧，巴山榧树的生境破碎化严重，其赖以生存发展的生态环境逐渐丧失。
巴山榧树是中国特有珍稀树种，应加强对巴山榧树种质资源的研究与保护。巴山榧树的遗传多样性较高，绝大部分变异分布于居群内。因此，只要采取合理的保育策略，巴山榧树的种群数量和种群规模可望得到恢复。巴山榧树地理分布较广，种群数量较多，应优先就地保护现有种群，重点关注没有出现在生物多样性保护区中的保护空白地区，协调这些地区经济与环境的关系，加大这些自然保留种群的管理力度。建议有巴山榧树资源的省、县（市）林业及相关部门划定资源保护区，尽可能建立自然保护区或巴山榧树自然保护点，并且鼓励科技人员开展迁地保护及人工繁育种群回归自然的研究，最大限度地保护巴山榧树种质资源，维持其较高的遗传多样性。
一方面应加强对巴山榧树种群及栖息地的保护，首先，应加强对巴山榧树各局域种群的就地保护，防止栖息地及生态系统的破坏。对于分布在保护空白区域的局域种群，如宝兴种群（BX）、略阳种群（LY）、镇坪种群（ZP）和五峰种群（WF）等应建立自然保护小区，加大就地保护力度。由于巴山榧树局域种群较多，可以优先保护那些种群结构较完整的正常型种群。其次，对于个体数量稀少、径级缺失较多和生境破坏严重的异常型种群可采取迁地保护措施，将其移栽至巴山榧树适生区域。
另一方面要深入开展巴山榧树生物生态学特征及繁育研究，探寻影响巴山榧树种子产量和质量的主要因素以及种子休眠的具体原因和解除方法，提高种子萌发率和成苗率，尤其应加强扦插繁殖和组织培养等无性繁殖试验研究，为巴山榧树种质资源保护和种群恢复奠定基础；针对巴山榧树可能在郁闭度适宜的林中才能正常生长发育这一现象，开展巴山榧树光合生理及林窗特征研究，并采取相应措施调节群落郁闭度，增强巴山榧树种群的天然更新能力。
