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学院拥有省部级重点学科1个，省部级特色专业1个，国防科工委紧缺专业1个。建有国家推广中心1个，教育部工程中心1个，江苏省技术中心1个。开设3个本科专业，拥有2个博士点、4个硕士点、2个工程硕士领域。
根据国内外环境和生物工程相关专业发展趋势，逐步形成了水污染控制理论与工程、大气污染控制技术与工程、固体废弃物处理与处置技术、环境监测理论与技术、膜分离理论与技术、环境生物材料、基因工程与生物物质分离提取，生物化学与酶工程，资源微生物开发和利用、辐射防护与核安全工程等多个研究方向。
