（一）办公室(组织人事科）。负责机关日常运转工作,承担信息、安全保密、信访、政务公开、信息化、宣传、培训等工作。承担机关和所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资、离退休干部工作,指导水利行业人才队伍建设。负责机关和所属事业单位的党群、纪检监察工作。承担水利体制改革的有关工作。

组织参与相关地方水利规章的起草工作。负责贯彻执行水利工作的政策并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承办局行政复议、行政应诉和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法,协调跨县（市）、兵团、中央、自治区驻塔单位水事纠纷,组织查处重大涉水违法事件。组织水资源费、水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用。

（二）规划建设管理科。拟订水利规划,组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划,审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织实施水工程建设规划同意书制度;提出地区级水利建设资金、水利前期费规模、方向以及年度安排建议计划;承担水利统计工作。开展水利科技、教育和外事工作。监督实施水利行业的技术标准、规程规范。办理国际河流有关涉外事务。指导水利行业外资工作。

编制部门预算并组织实施,承担财务管理和资产管理工作。组织提出自治区水利财政资金安排建议,统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。组织编制地区级水利部门预决算,承担机关单位财务、国有资产监管和内部审计工作。

指导水利工程建设管理,制定有关制度并组织实施。指导具有控制性或跨区域跨流域重大水利工程的建设。指导水利工程蓄水安全鉴定和验收,指导重要河流干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。负责水利行业工程质量、造价、监理的管理工作。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。

指导水利设施的管理、保护和综合利用,组织编制水库运行调度规程,指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。承担跨区域跨流域水资源供需形势分析,指导水资源调度工作并监督实施,组织指导大型调水工程前期工作,指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。

组织开展灌排工程建设与改造。指导农村饮水安全工程建设与管理,指导节水灌溉有关工作;组织拟订农村水能资源开发规划,指导农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作;指导农村水利社会化服务体系建设。承担协调牧区水利工作。

督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织协调和推进落实水利行业重要事项的督办工作。组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作,指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。

组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要河流湖泊和重要水工程的防御洪水、抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。

（三）水资源与水土保持科（河湖管理办公室）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作,组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度,指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施,指导河湖生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划,指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作,组织编制并发布水资源公报。参与编制水功能区划和指导入河湖排污口设置管理工作。按规定指导城市水务有关工作。

拟订节约用水政策,组织编制并协调实施节约用水规划,组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作;指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。

指导水域及其岸线的管理和保护,指导重要河流湖泊、河口的开发、治理和保护,指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作,指导河道釆砂规划和计划的编制,组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。承担地区全面推进河（湖）长制领导小组办公室日常工作。

承担水土流失综合防治工作,组织编制水土保持规划并监督实施,指导水土保持重点工程的建设工作,组织水土流失的监测、预报并公告;审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。