根据上述职责左云县环境保护局设3个科（室）。
办公室
负责局机关政务综合协调和监督检查。协助局领导组织协调局机关日常工作，协调局领导公务活动；拟定局机关工作制度并监督执行；拟定年度工作计划、总结；负责机关值班工作；负责机关文电、电子政务、档案、机要、保密、安全、保卫、车辆管理工作；负责局和下属单位的人事、编制工作；负责局机关离退休人员工作，指导下属单位离退休人员工作；负责综合性环保会议的组织协调，起草全县环保综合性会议文件和其它重要文件；组织开展重要环保政务督查；归口管理环境信息和信息化工作；组织编报政务信息；承担局新闻审核和发布工作。
承担局机关规范性文件合法性的审核工作；开展环保政策研究；承担环保行政处罚、行政复议、行政应诉、行政赔偿法律事务；依法对企业、事业单位和个体工商户采取行政处罚和拆除、查封、扣押等行政强制措施；组织开展环保执法检查；牵头组织联合执法；开展执法监督和行政稽查；负责执法队伍管理；负责行政审批事项的申报与核定；负责各类评优创先活动的环保守法情况审核，组织环境友好型社会建设，拟定并组织实施全县环境保护宣传教育纲要和计划；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作。监督管理对生态环境有影响的自然资源开发活动，重要生态建设和生态破坏恢复工作；编制县级生态功能区划，组织实施全县生态功能区划和生态经济区划并指导乡镇开展相关工作；开展全县生态状况质量评估；提出新建和调整的各类县级自然保护区审批建议，对自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护，生物遗传资源，农村生态环境保护和畜禽污染防治工作；监督管理农村土壤污染防治工作；指导生态示范创建；组织实施农村环境综合整治；查处生态破坏事件，承办生态县领导组办公室具体事务。
污染物排放总量控制科
组织编制环境功能区划，环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；负责环境保护中长期规划评估；负责提出环境保护专项资金安排意见并监督实施；参与监督管理环境保护基本建设，参与组织环境保护政府采购（投招标）工作；组织编报、审核汇总预决算；负责国有资产管理工作；承担局机关财务管理、经费会计核算和资产管理工作；负责内部审计工作；审核报批环保系统收费项目和标准；按照管理权限，指导、管理、监督排污费的征收和使用。会同有关部门管理县级环境污染治理资金和县级环境保护专项资金，提出总量控制计划；承担总量减排调度、监督、审核、考核工作，并定期公布考核情况；承担环境统计和污染源普查工作；负责核准节能减排财政和价格补贴相关工作；组织测算并确定区域，流域环境容量；组织编制环境统计年报和统计报告。
负责全县水体、土壤、固体废物、危险废物、化学品、饮用水源地等污染防治；组织实施跨界河流断面水质考核、污染源限期治理、末位淘汰、县城环境综合整治定量考核，上市再融资环境保护检查等环境管理制度；组织实施拟定有关污染防治专项规划并监督实施；查处违法排污行为，对污染防治设施实施监督管理，审查治理方案并监督实施。
负责全县大气、噪声、光、恶臭、机动车污染防治工作；组织实施污染源限期治理、末位淘汰、上市及再融资环境保护检查等环境管理制度；审查治理方案并监督实施，对污染防治设施实施监督管理，组织拟定有关污染防治专项规划并监督实施，查处违法排污行为；组织实施城乡环境综合整治；负责环保目标责任制制定和考核。
组织实施全县主要污染物排放总量控制、排污许可证、排污交易；负责环境保护科技工作；组织实施清洁生产强制审核，参与指导和推动循环经济、清洁生产环保产业发展和绿色消费；承担环境咨询相关工作，组织编报环境质量报告书；实施环境质量公告制度，统一发布全市环境综合性报告和重大环境信息；负责全市环境监测系统业务管理和技术指导工作，承担环境监测网、污染源在线监控网和环境信息网的有关工作。对乡镇人民政府执行环保法律、法规情况进行监督；组织拟定重大突发环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导、协调调查处理工作；协调区域环境污染纠纷；牵头环保系统信访、公众举报工作；负责环境执法后督察和挂牌督办；承担行政效能、政务公开等工作。主要负责大气、水、固体废物、噪声污染防治设施拆除或者闲置许可；危险废物经营许可核发；排污许可证核发职能。承担政务大厅及以上集中后的审批服务职能。
综合科
负责监督管理全县建设项目“三同时”制度执行情况，组织开展国家及省级市级审批的建设项目试生产管理和县级审批的建设项目环境保护验收工作；开展建设项目违反“三同时”制度的查处工作；组织开展建设项目环境工程监理工作，对监理单位实施监督管理。负责对权限内的战略、政策、规划、计划和区域等环境影响评价文件进行审核；承担核与辐射以外的县管建设项目环境影响文件的审批工作；提出区域、流域限批和行业限批建议并监督实施；负责环境影响后评价工作；对违反国家《环境影响评价法》建设项目进行查处；负责矿井关闭相关工作负责对权限内的战略、政策、规划、计划和区域等环境影响评价文件进行审核；承担核与辐射以外的县管建设项目环境影响文件的审批工作；提出区域、流域限批和行业限批建议并监督实施；负责环境影响后评价工作；对违反国家《环境影响评价法》建设项目进行查处；负责矿井关闭相关工作；协助上级部门对环境影响评价机构资质和环境影响评价工程师资格进行日常监督管理，建设项目环境影响报告（表、登记表）审批及环境保护设施竣工验收审批职能。
承担核安全、辐射安全、放射性废物管理工作，拟定有关政策，参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；负责核与辐射项目环境影响评价审查和竣工验收；对核与辐射安全和核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理；查处核与辐射环境违法案件。
