法制科：负责审理与复核本局出具的的审计报告和审计决定，受理审计行政复议和行政应诉，协助配合有关部门查处相关重大案件等工作。

办公室：负责局机关的日常管理工作。主要是机关的日常政务、事务工作，草拟机关管理制度和综合性文件及文件收发、会计核算、档案管理和后勤保障等工作。

财金审计科：负责审计本级财政预算执行情况、地税税收征管情况、全县各银行、保险公司等财务收支及资产、负债情况的审计。

投资审计科：负责对全县政府投资建设项目和部门单位基本建设项目的资金来源、工程决算情况的监督，并对其进行开展专项审计和审计调查。

经济责任审计科：负责对全县政府部门党政机关、行政、事业单位和乡镇党政领导干部进行经济责任审计及国有企业、国有控股企业领导人员进行任期经济责任审计。

行文审计科：负责对县财政拔款的行政事业单位的财务收支情况进行审计和调查。

农林审计科：负责县农业、林业、水利等部门及所属单位的财政财务收支的审计工作，负责相关的专项资金审计和专项调查。

建设审计科：负责县内城建系统财政财务收支的审计工作，并对其进行开展专项审计和审计调查。

经贸审计科：负责县工交、商贸、粮食及所属单位的经济实体的财务收支和国有资产的增值、保值的审计，负责相关的专项资金审计和专项调查。