梅州市住房公积金管理中心内设办公室、业务科和会计科三个副科级职能科室，各县（市）设立副科级建制的经办业务分理处。

内设科室：

1 、办公室：负责人事、文书、资料工作；负责党风廉政建设和教育工作；负责承办上级交办的其他工作。

2、业务科：负责编制、执行住房公积金的归集、使用计划；负责审批住房公积金的提取和使用；负责编制住房公积金的归集、使用计划执行情况报告等。

3、会计科：负责记载职工住房公积金的缴存、提取、贷款使用情况的总帐、明细帐；负责住房公积金会计电算化管理和核算；负责公积金的保值和归还、资金调拨的监督工作；负责编制相关会计、统计报表等；负责管理中心内的收支等财务会计工作。

经办业务分理处：

梅州市住房公积金管理中心兴宁市经办业务分理处

梅州市住房公积金管理中心梅县区经办业务分理处

梅州市住房公积金管理中心平远县经办业务分理处

梅州市住房公积金管理中心蕉岭县经办业务分理处

梅州市住房公积金管理中心大埔县经办业务分理处

梅州市住房公积金管理中心丰顺县经办业务分理处

梅州市住房公积金管理中心五华县经办业务分理处