根据上述职责，市水利局设7个职能处室。

（一）办公室

组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、信息、督查、信访、应急管理、政府信息公开和市政府市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；负责局机关综合性文稿起草工作；负责相关人大代表建议、政协委员提案的办理工作。

（二）组织人事处

负责局机关和直属单位的组织人事管理、机构编制和教育培训工作；指导水利行业人才队伍建设；负责水利体制改革的有关工作；负责局机关并指导所属单位的离退休人员管理服务工作；组织重大水利科学研究、成果鉴定、技术引进和科技推广；负责编制全市水利科学技术发展规划；承担行业技术标准和规程规范的监督实施工作。

（三）财务审计处

编制市级水利部门预决算，提出水利财政预算资金安排建议；承担市级水利资金及水利国有资产监督管理工作；协调有关水利价格、收费、信贷、税收事宜；负责局机关财务管理工作；指导局直属单位财务管理工作；负责水利经费使用情况的审计工作。

（四）水政处

起草有关地方性法规、规章草案，拟订有关政策并组织实施；指导水政监察、水行政执法和水利行政事业性收费征收管理工作；负责查处重大涉水违法事件，调处县（市）区间的水事纠纷；指导水利行政许可和普法宣传工作；承办相关行政复议、行政应诉和行政赔偿工作；负责水利宣传和新闻发布工作。

（五）规划建设处（挂安全监督处牌子）

拟订全市水利发展中长期规划，组织、指导编制水利综合规划、专业规划和专项规划并组织实施；审核重点水利建设项目建议书、可行性研究报告、初步设计；提出市水利建设投资规模、方向和项目安排建议；承担水利建设投资计划相关工作；负责全市水利行业的综合统计分析；组织实施具有控制性或跨县（市）区、跨流域的重要水利工程建设；承担水利建设市场和水利工程质量的监督管理工作，组织实施水利工程项目法人、招标投标、建设监理等制度；指导河流、湖泊的治理开发工作。

承担重点水利工程安全生产监督管理工作；指导水利行业安全生产工作。

（六）水资源处（挂市节约用水办公室牌子）

组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查评价和监测工作；拟订全市水量分配方案、水功能区划并监督实施，指导水资源调度工作；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城乡供水水源规划、污水处理回用和雨洪资源开发利用等工作；指导地下水开发利用和管理保护工作。

指导计划用水、节约用水和行业供水工作，编制节约用水规划，制定有关标准；承担市内涉及黄河事务的综合协调工作。

（七）水土保持处（挂农村水利处牌子）

承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持和水生态建设规划并监督实施；组织实施重点水土保持和水生态建设项目；组织水土流失监测、预报并定期公告；指导全市水生态建设；承担重点开发建设项目水土保持方案的审核、监督实施和水土保持设施的验收工作；参与“四荒”治理开发的指导工作。

组织协调全市农田水利基本建设；指导农田灌溉排水、村镇供水工作；组织实施农村饮水安全、节水灌溉、灌区续建配套与节水改造等工程的建设与管理；组织实施引黄灌溉和农业综合开发水利项目；指导农村水利社会化服务体系建设。