（一）办公室。综合协调机关日常工作；负责重要会议的组织；负责文秘、信息、档案、保密及机关内部规章制度建设和信访工作；主管机关行政事务；负责全市水利统计工作，负责局机关及直属事业单位的党务工作，负责局机关的内部保护。
（二）人事财务科。负责机关及所属事业单位干部人事、机构编制、干部培训教育等工作；指导本行业劳动保护、职称评审等工作；负责局机关离退休干部职工管理等工作；组织指导全市水利科技、教育工作；组织水利经济技术合作与交流；指导水利行业人才队伍建设；拟订全市水利行业的经济调节措施，对水利资金的使用进行宏观调控；承担机关和所属事业单位财务管理、资产管理、内部审计和统计等工作。
（三）农村水利水电工程科。负责制定全市农村水利发展规划和年度计划并组织实施；负责制定跨乡镇的水量分配方案和中长期供求计划；主管乡镇供水、人畜饮水工作；负责水井凿井管理；组织指导全市农村水利社会化服务体系建设；负责农村节水工作；负责全市万亩灌区管理工作；负责编制全市干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施；组织编制全市水电中长期发展规划和年度计划；负责全市中小型和直属水电工程基建项目建议书及可行性研究报告的立项申报；主管全市重点水电工程建设，组织实施农村水电电气化县（市）建设工作；负责编制全市水利科技发展规划；组织实施水利科学研究和技术推广工作；组织指导水利基础设施网络建设。
（四）移民管理科。负责水利工程移民管理工作，拟订全市水利、水电、水库移民的规划；组织实施移民搬迁、安置和后期生产扶持工作；管理和监督移民资金的使用。
（五）河道和水库管理科（河长制办公室）。负责河流的综合治理和开发，负责审查在河道管理范围内兴建各类建筑物及设施的方案；指导河道采砂规划审批和计划的编制，监督管理全市河道内采砂工作；负责全市小型水库的规划、建设、除险加固、岁修养护和安全评估工作；组织小型水库管理机构的建设及工程管理和保护范围的划界确权工作；负责全市水利设施、水域及其岸线的管理、保护与综合利用；组织指导并监督检查全面推行河长制工作，承担市河长制办公室日常工作。
（六）水政水保科。负责全市水资源统一管理和保护工作，承担最严格水资源管理制度相关工作；指导水利行政许可、依法行政工作并监督实施；负责组织实施取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度，负责水资源有偿使用、水权制度建设工作，协助征收水资源税；承担水事纠纷协调工作；组织指导普法教育工作；指导全市水政监察和水行政执法工作；负责全市所有涉及水利工程建设质量监督及安全生产工作；主管水资源规划建设、管理及水环境保护工作。拟订节约用水政策和制度，组织指导节约用水工作，承担节约用水考核工作；主管全市水土保持工作；组织水土保持生态环境建设；协调水土流失综合防治，拟订水土保持规划并组织实施；负责全市水土保持监测网络的建设和管理；组织指导全市水土保持技术服务体系建设；对有关水土保持的法律、法规执行情况依法实施监督；负责市（县）级水土保持补偿费征收管理工作。
（七）行政审批服务科。贯彻落实国家和省、市行政审批制度改革和政务服务有关政策，负责本部门行政审批制度改革工作；牵头协调并负责统一办理本部门全部政务服务工作；负责本部门政务服务信息数据管理、共享工作。指导本系统政务服务及政务服务信息数据管理、共享工作。
（八）机关党委。负责局机关及所属单位的党群工作。
（九）灵宝市白虎潭水库管理所。负责白虎潭水库枢纽工程及配套提灌站工程的安全运行、维护保养等工作；负责水库防汛工作和灌区水利设施维护；负责水库和灌区科研项目、岁修工程等。
（十）灵宝市防汛抗旱中心。落实全市综合防灾减灾规划相关要求，组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。承担水情旱情监测预报预警工作。组织编制重要河流和重要水工程的防御洪水、抗御旱灾调度和应急水量调度方案，按程序报批并组织实施。承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作。
（十一）灵宝市农水技术指导站。负责水利工程规划、勘测、设计、建设与管护；负责水利技术培训与示范推广；负责全市农村饮水安全工程的资产管护，政策宣传，水资源论证以及工程维护等工作。
（十二）灵宝市水政监察大队。负责水行政执法工作；受理检查、控告、制止水事违法行为；组织指导节约用水工作，承担节约用水考核工作。
（十三）灵宝市水土保持中心。编制全市水土资源流失预防及治理规划和水土保持方案；负责水土资源的评价、论证、监测、保护等工作。
（十四）灵宝市河道管护所。负责全市河道勘测、规划、防汛清障、治理等工作。
（十五）灵宝市小型水库管理中心。组织小型水库的规划建设、除险加固、岁修养护和安全评估工作；制定、发布小型水库的调度运用计划，组织指导小型水库的防汛、抗灾工作，落实防汛责任制；负责小型水库的考核、人员培训等工作；建立、健全统计报表制度和全市小型水库的技术档案。
（十六）灵宝市跃进渠太平渠灌区管理所。负责拟订灌区灌溉年度规划与技术标准；负责水利工程安全评估、运行监测、维修等工作；负责水利技术培训等。
（十七）灵宝市水电发展中心。负责全市水利水电发展服务保障工作；组织实施农村水电电气化建设工作。
（十八）灵宝市水利工程质量安全保障中心。负责全市所有涉及水利工程建设的质量安全保障工作。
