中国审计学会的最高权力机构是会员代表大会。会员代表大会的职权是制定和修改章程；选举和罢免理事；审议理事会的工作报告和财务报告；决定终止事宜；决定其他重大事宜。理事会是会员代表大会的执行机构，理事会选举和罢免会长、副会长、秘书长和常务理事。理事会在会员代表大会闭会期间领导学会开展工作，对会员代表大会负责。常务理事会在理事会闭会期间行使职权，对理事会负责。学会会长为学会法定代表人，负责召集和主持理事会、常务理事会；检查会员代表大会、理事会、常务理事会决议的落实情况；代表本会签署有关重要文件；提出本会秘书长的候选人。秘书长主持秘书处的日常工作，组织实施年度工作计划；协调各分支机构、代表机构、实体机构开展工作；提名副秘书长以及各办事机构、分支机构、代表机构和实体机构主要负责人，交理事会或常务理事会决定；决定办事机构、代表机构、实体机构专职工作人员的聘用；处理其他日常事务。

学会内设机构有学术委员会、培训工作委员会和编辑部。学术委员会负责拟定中国审计学会课题计划，协助秘书处组织、指导课题研讨活动；培训工作委员会负责组织学会会员培训；编辑部负责编辑出版《审计研究》学术期刊。

中国审计学会的会员分单位会员和个人会员。各省、自治区、直辖市和计划单列市的审计学会、全国性行业审计学会、从事审计研究的大专院校和科研机构、社会审计组织和内部审计机构，均可申请加入成为单位会员。审计界及相关领域的知名人士和具有高级专业技术职称资格或相当资历的人员均可申请加入本会或由本会邀请成为个人会员。

学会经费来源有按照国家有关规定收取的会员会费、政府拨款、在核准的业务范围内开展活动或服务的收入、社会捐赠和其他合法收入。