佛罗里达红豆杉被美国佛罗里达州列为濒危物种。
列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》(IUCN)2011年 ver3.1——极危(CR)。
几乎所有的佛罗里达红豆杉群都是由成熟的个体组成。虽然他们有种子产生,但在过去二十年中几乎没有新的佛罗里达红豆杉长成(2010年)。在过去的27年里,对佛罗里达红豆杉四个亚群体的研究表明,佛罗里达红豆杉的成熟个体死亡率高于他们的出生率(Redmond和Winn,2010年)。佛罗里达红豆杉个体只能通过种子发芽才能存活,幼苗密度可能在每公顷几百到几千之间。
19世纪人们对沼泽森林的砍伐以及20世纪初人们对坡林的选择性采伐是导致佛罗里达红豆杉分布范围缩小和栖息地破碎化的主要原因(Reinsmith and Foreman 1934年,Kwit 1998年)。佛罗里达红豆杉面临的最直接的威胁是缺乏更新。刚发芽的幼苗容易被鹿啃食和摩擦也是一个问题,因为它会导致幼苗的死亡。由于禁止在保护区内狩猎,在狩猎季节(冬季),佛罗里达红豆杉分布区域内的鹿数量增加,从而增加了佛罗里达红豆杉的生存压力。
佛罗里达州的佛罗里达红豆杉几个分布区被设为保护区,如自然保护协会的阿帕拉契科拉断崖和峡谷保护区(the Nature Conservancy's Apalachicola Bluffs and Ravines Preserve)以及托雷亚州立公园(the Torreya State Park)。