刺苍耳会侵入农田，危害白菜、小麦、大豆等旱地作物，此外对牧场的危害也比较严重。

入侵生物占据适宜生态位后，会迅速发展成为该地新的优势种，使原来该地植物的生态位受到压缩，能成功地将该地植物排挤掉，导致该地植物多样性降低。刺苍耳适应能力、繁殖能力、传播能力极强，并有侵略本性，在进入新的生境时，面积迅速扩大，与该地植物争夺养料、水分、光照和生长空间等有限资源，影响该地植物的生长，严重会使该地植物被排挤出原生长环境，结果将会对原生境中其他植物的生长和繁殖带来影响，破坏该地生物多样性。

在许多地方，刺苍耳已扩散到农田中，并且分布面积，年年都在快速扩大，对农业构成了极大威胁。因为刺苍耳植株高大且具刺，不易被机械、人工去除，给农田的机械、人工操作带来了困难和障碍；刺苍耳的果实可以混入籽粒较大的农作物（如玉米）种子当中，降低作物种子的纯度，并可以随种子运输进行远距离传播；由于植株具硬刺，牛、羊等牲畜不食，刺苍耳泛滥成灾，对入侵地的牧业生产也会产生负面影响。另外刺苍耳的果实不能代替中药用苍耳子，刺苍耳的大面积蔓延必将对药用苍耳子的质量产生影响。