一、办公室

协助局领导组织机关日常工作；组织局机关内部规章制度的建设，协调机关各科室工作；负责管理局机关文秘、印信、档案、政务信息、保密、信访、文印等工作；负责组织重大会议，草拟综合性重要文稿；负责组织水利系统对外、对内的宣传指导工作；负责接待工作；负责局机关后勤工作，协同管理局固定资产工作。

二、规划计划科（总工办、行政审批科）

规划计划科：负责组织编制地区流域综合规划、各项专业规划；组织编制、报批地区重点水利水电工程项目的前期规划；负责编制、综合平衡执行全地区所有水利建设、水利专项建设、前期工作的年度计划。组织协调与地区有关部门的基本建设计划工作；组织审查、审批水利基本建设项目的项目建议书、可行性研究报告、初步设计报告；提出地区水利前期费规模、方向以及年度安排建议计划；负责监督检查水利基本建设项目计划和资金的落实、使用、完成情况。

行政审批科：负责贯彻执行中央、自治区及本市的有关要求，做好本部门的行政审批制度改革工作；承担本部门的行政审批职能，集中行使行政审批权；按照一个窗口对外、一站式服务的要求，负责本部门行政审批事项的集中受理、统一办理、全程协调服务和跟踪督办；负责行政审批事项网上办理的日常服务、管理、协调和监督等工作；负责与行政服务中心的协调对接，承担进驻行政服务中心窗口人员的业务培训工作，窗口人员接受行政服务中心的日常管理考核。

总工办：负责监督指导水利建设各项法规、规范的实施。组织拟订地区的水利建设制度并监督实施；指导水利设施、水域及其岸线的管理和保护；组织、指导、协调地区水利工程建设管理；指导水利建设项目的开工审批、验收、后评价等；负责组织指导重点建设项目的地区级验收，负责水利建设项目优质工程、优秀设计、文明工地的评比工作；组织实施水利工程建设的监督和稽察；负责水利行业工程质量、监理的管理工作；负责管理水利建设市场，监督指导市场准入。

（三）农牧水利科（人饮安全办公室）

组织编制地区农村、牧区水利发展规划及年度计划；组织指导全地区农村、牧区水利基本建设；组织农村牧区实施节水灌溉，推广节水型水利技术；负责指导、协调地区农村水利工程的运行管理；负责地区农田水利基本建设“天山杯”竞赛活动的组织指导工作；负责组织指导农村、牧区小型水利建设项目前期工作；承担地区水利基本建设、水利综合统计工作。

负责组织编制地区农村饮水规划；制订全地区农村饮水安全工程的年度计划；负责审查农村饮水安全工程前期工作；负责农村饮水安全工程建设的监督管理，包括：工程招标、质检、监理工程进度、工程验收等；负责指导县（市）农村饮水安全工程的运行管理工作。

（四）水土保持科（水产渔政科）

水土保持科：组织起草地区水土保持规划及年度计划并组织实施；组织指导全地区水土保持综合治理工作，负责组织水土保持小流域、小区域综合治理项目的前期及建设管理工作，参与地区生态建设规划及项目审查验收工作；组织指导水土流失监测，对相关法律法规的执行情况依法实施监督；组织监督实施水土保持“两费”征收及使用。

水产渔政科：承担哈密地区渔业发展、水产品质量安全、水生动物防疫检疫活动等监督管理工作，把好新疆的水产品质量安全和防疫检疫监管关口。

(五)财务审计科

负责制定水利行业的财务、审计工作细则；负责水利基建项目的资金支付，协助有关部门对资金的计划执行情况进行监督检查，督促建设单位编制水利基建项目竣工财务决算；负责审核县（市）、直属水管单位的年终决算，并按上级水利部门的要求布置、汇总和上报水利财务统计报表；负责对水利专项资金的检查，对水利专项资金使用的规范性实施监督检查；按照内部审计工作的要求对直属单位的财务收支进行审计指导；负责单位部门预算、专项经费的编制、资金管理、拨付和报账，并对预算执行情况进行检查及监督；负责单位国有资产的产权登记、年检、管理、监督及国有资产保值增值工作；负责对县（市）、直属单位会计人员的业务培训管理工作。