根据上述职责，州招商局内设5个职能科室。
(一)办公室
综合协调机关政务工作；负责机关后勤服务工作；负责州委、州人民政府交办事项的督查工作；承办州人大、州政协交办的提案、议案；负责会议的组织和会议决定事项的督办；督促实施内部管理制度；负责公文管理、办公自动化、新闻发布、对外宣传和政务信息；负责劳动、人事、工资、财务管理；负责文秘、机要、保密、信访、收发、档案、通信、审计、监察、计生工作；负责人才培训工作；负责工、青、妇工作；办理业务接待；管理招商引资专项经费和委托代理招商经费；负责媒体招商；负责州对内对外开放领导小组办公室日常工作；完成领导交办的其他工作。
(二)政策法规科
负责贯彻实施国家、省招商引资、外资利用、经济技术联合
协作的法律、法规和方针、政策；牵头研究制定全州性招商引资、经济合作的政策、措施及管理办法，并具体组织实施；归口管理全州性利用外资政策、规章之间及其与国家规定、国际条约、世贸组织协定之间的协调与衔接工作；会同相关业务处室研究制定全州利用外资、经济技术联合协作的中长期规划和年度目标，并组织实施；负责全州现行招商引资政策、措施的完善、修订工作；组织起草全州招商系统涉外工作规章制度；负责组织、参与全州利用外资的调研工作，提交调研报告和政策建议；审核外来投资项目的合同、章程条款，审查外来投资项目审批、变更及重大事项；监督检查外来投资企业投诉；制定全州招商引资目标责任制、奖励制、委托代理商规定、项目推进责任制、跟踪问效制、督查制、评议制和考核办法的实施细则；配合有关部门做好重大经贸协议、合同、章程和重大争议案的协调；负责办理行政复议、行政诉讼、应诉和行政赔偿条件；负责对内对外开放、利用外来投资有关法律、法规、政策的培训工作和法律咨询。
(三)经济合作科
统筹规划、协调指导全州招商引资、经济技术联合协作和社会事业的合作工作；研究制定全州经济技术联合协作、社会事业合作的中长期规划和年度目标，并组织实施；宏观指导和归口管理我州在境内举办和参加国内重大投资洽谈会和招商活动；负责国内、州外投资者来文山考察投资合作项目，举办各类招商引资活动的联络、协调、服务工作；承办国内经济代表团来访的联络和协调工作，组织我州有关部门参加洽谈活动；承办州人民政府经济合作代表团出访、组团、联络工作；组织经济联合协作项目的推荐，协调重点项目的谈判、签约；指导协调州内和州际区域经济合作组织的工作；承办滇桂黔边区五地州（市）经济协调会和滇中七地州（市）经济协调的有关事项，并负责文山方的事务；配合做好州院州校合作；承办友好城市、对口协作、对口支援的日常合作，配合有关部门推动以科技、教育、卫生为重点的社会合作，负责全州经济技术联合协作目标责任制的考核；负责全州州外国内引资奖励暂行规定实施细则的组织实施；负责对内开放工作的跟综督办制度的组织实施；指导各县招商引资、经济技术联合协作、社会事业合作工作；负责经济技术协作和社会事业合作的业务统计工作。
(四)项目开发管理处
负责编制全州重点招商项目开发、研究、包装、储备的中长期规划和年度计划，并组织实施；负责项目前期开发工作推进责任制组织实施；负责全州招商引资项目库的建立；负责文山招商引资网站的建立、维护和管理；负责网络招商的组织实施；牵头组织包装符合条件的项目到资本市场融资；负责全州招商引资和经济技术联合协作项目的研究开发、评估和信息发布；负责文山州招商项目专家咨询委员会的日常工作；负责组织国外、州外国内各类经济组织和自然人来文考察的项目推荐，参与协调重点项目的谈判、签约；负责编辑《文山州鼓励外商投资产业指导目录》；指导各县做好招商项目工作。
(五)外来投资服务科
负责综合分析全州外来投资情况，指导和管理全州投资促进
工作；负责外商投资项目可行性研究报告和合同、章程的审核工
作，监督外商投资企业执行有关涉外法律、法规及履行合同章程；配合有关部门做好外商投资企业联合年检工作；协助有关部门做好外商投资企业进出口权的申报工作，与有关部门共同做好外商投资先进技术企业的评选和申报工作；协助有关部门办理外商投资企业自用设备、原材料及零配件进口、补偿贸易、加工贸易的申报工作；负责为省市区政府驻文办事机构以及经济社团组织的协调服务工作；督促检查全州各地各部门改善投资环境，协调解决外来投资者反映的问题和意见，协调外来投资项目的实施及有关优惠政策的落实，会同有关部门依法保护企业及投资者的利益，对符合条件的省际间经济合作项目进行认定；发放外来在滇投资企业、省内合作企业认证书；指导各县外来投资企业业务工作；负责外商投资企业利用外资业务统计。
