根据上述职责，市国土资源局设11个内设机构：
（一）办公室。
负责机关文电、会务、接待、机要、档案、安全、保密、政务公开等日常工作；负责机关综治、计生、制度建设、信息等工作；组织起草土地、矿产、测绘管理的地方性政策，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，推进国土资源系统依法行政工作；负责国土资源政务公开和普法工作；承担行政复议、行政应诉的有关工作；负责对各县、区（市）国土机关进行督促检查；贯彻执行财务会计制度；管理国家、省、市划拨的各项资金及其他有关资金、基金；负责市本级有关法定规费、价款和行政事业性收费及专项资金、基金的收缴、核算和监督管理；承担有关专项资金、基金的管理工作和部门预决算、政府采购、国库集中支付有关工作；组织拟订局财务、资产管理制度，承担局机关及直属单位财务和国有资产的监管以及绩效评价工作。
（二）调控和监测科。
贯彻国家有关国土资源宏观调控政策，研究和分析国土资源管理、供需总量平衡、开发利用和保护以及对地方经济运行和社会发展的影响与规律，研究提出有关国土资源区域、城乡统筹协调、综合利用和循环经济的政策措施、规划和建议；组织国土资源重大课题调研，承担综合统计和局内专业统计归口管理工作；承担有关重要文稿的起草工作；协调和组织局内有关综合研究工作；组织开展土地动态监测工作。
（三）规划科。
组织拟订全市国土资源发展规划，组织编制国土规划、土地利用总体规划、矿产资源总体规划和地质勘查与矿产开发、地质环境保护、地质灾害防治、地质遗迹保护、基础测绘等有关专项规划、年度计划，并监督实施；审核全市土地利用、矿产资源总体规划和市直各行业主管部门涉及矿产资源开发利用的规划；承办报国务院、省和市人民政府审批的涉及土地、矿产规划的审核工作；承担建设项目用地预审工作。
（四）耕地保护科。
贯彻执行耕地特殊保护的法律法规和方针、政策；指导实施基本农田保护工作，指导土地开发、土地整理、土地复垦和耕地开发及监督工作；承担耕地保护责任目标考核的有关工作，监督检查基本农田保护和耕地占补平衡有关制度落实情况；承担农用地转用、土地征收征用工作，组织实施土地用途管制；承办需经国务院或省、市人民政府批准的土地征收、农用地转用的审核、报批工作；承担重点建设项目征地的指导、协调和管理工作；组织实施建设项目用地审批后的监督管理。
（五）地籍管理科。
组织实施和指导城乡地籍、土地确权、土地登记发证等工作；组织开展土地资源调查、地籍调查、变更调查工作；调处土地权属纠纷；指导县、区（市）地籍调查、登记、土地分等定级工作和各类土地登记资料的收集、整理、共享、汇交管理；指导地籍信息系统的建设，提供社会查询服务。
（六）土地利用科。
贯彻执行国家禁止和限制供地目录、划拨用地目录和建设项目用地标准；承担国有建设用地使用权出让、转让、租赁、作价出资和土地收购储备、改制企业土地资产处置及农村集体建设用地土地使用权流转管理工作；组织、指导基准地价、标定地价评测工作；管理和监督城乡建设用地供应、政府土地储备、土地交易、土地开发和节约集约利用，监测土地市场和建设用地利用情况，监督管理地价，严格执行招标拍卖挂牌出让制度，规范和监管土地市场。
（七）矿权管理科。
组织实施矿产资源的开发利用和保护工作；承担市级矿区范围划定、采矿权新立、延续、转让和变更登记审批的具体工作；编制实施市级采矿权设置方案；承担市级矿产资源开发利用方案的备案工作；参与调处采矿权矿界纠纷；监督管理矿产资源开采活动、矿产品运销环节和采矿权市场；组织矿山督查和采矿业的统计工作；贯彻执行地质勘查工作标准和规程、规范；协调地质勘查行业、地质勘查资质、地质勘查部门和地下水勘查管理工作；协调实施公益性、基础性、战略性地质勘查和地质勘查基金项目的管理工作；监督管理矿产资源勘查活动及探矿权市场。
（八）资源环境科。
负责矿产资源储量备案、登记、统计和监督管理工作；实施矿山储量动态监督管理，负责矿产资源补偿费征收；负责管理、汇总、收集、整理矿产资源储量地质技术资料，建立技术资料档案；负责地质环境的监督管理和地质灾害的责任认定、调查处理工作；编制地质灾害防灾预案，组织协调地质灾害防治和地质环境监测工作；负责监督矿山企业缴存矿山环境治理恢复保证金并依规使用；负责地质遗迹保护和监督管理工作；负责建设项目的地质灾害危险性评估及矿山环境治理恢复方案审查、备案；参与矿泉水、地热水开发利用的审核。
（九）测绘管理科（市政府测绘管理办公室）。
组织编制全市测绘项目计划；组织基础测绘、地籍测绘、行政区域界线测绘等重大测绘项目的实施；管理测绘基准和测量控制系统；审核测绘技术规定；管理全市基础地理信息数据和测绘成果，指导地理信息社会化服务工作；编制行政区域界线标准样图；拟订推进地理信息产业发展政策性指导意见；审核测绘单位、测绘人员资格；受理测绘项目备案；监督管理测绘市场、地理信息市场和地图市场；监督执行国家测绘技术规范和质量管理规定；负责测绘成果资料汇交及其保密的监督检查工作；审核发布重要地理信息；管理地图编制出版工作，审核地名在地图上的表示；组织管理和保护测绘标志。
（十）政策法规科。
组织起草土地、矿产、测绘管理的地方性政策，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，推进国土资源系统依法行政工作；负责国土资源政务公开和普法工作；负责局发文件的涉法审核工作；承担行政复议、行政应诉的有关工作。
（十一）人事教育科。
承担机关和直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、目标管理、教育培训和离退休人员的管理服务等工作；承担县、区（市）国土资源局领导班子干部管理的具体工作；拟订国土资源系统人才队伍建设规划，并会同有关部门指导实施；承担拟定全市国土资源科技发展规划、科技成果的申报和推广；承担土地、矿产、测绘等法律法规的宣传工作；承担国土资源信息化建设的行政工作。
机关党组织和纪检监察机构按有关规定设置。
