一、综合与计划财务股。负责综合协调局机关和直属单位工作，督促重大事项的落实。承担机关文电、会务、机要、档案、保密、信息、信息化、效能、新闻宣传、政务公开、安全保卫和信访等工作。承担机关行政后勤工作。负责机关和直属单位的干部人事、机构编制管理等工作，指导水利行业人才队伍建设。承担水利行业专业技术职务评审相关工作。负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。负责拟订全区水利发展中长期规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划。组织实施区政府水利投资计划。承担水利综合统计。编制部门预决算，承担机关财务管理、国有资产的监督管理工作，指导直属单位财务管理、国有资产的监督管理工作。组织提出区级水利财政资金安排建议，统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利的造价、价格、收费、信贷等建议。指导水利产权制度改革。

二、政策法规与行政审批股。参与起草涉及水利工作的政府规章草案，起草水利工作规范性文件和政策措施。承担本局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。指导水利行业体制改革。承担水利政策法规的宣传。承担有关规范性文件的合法性审核工作。指导水利行业行政许可工作并监督检查。承担有关行政审批和行政审批制度改革有关工作。负责权责清单管理工作。负责水政监察和水行政执法，协调跨乡镇（街道）水事纠纷，组织查处有关涉水违法事件。

三、水资源与河湖水电管理股（区节约用水办公室）。负责承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，负责水资源有偿使用工作。承担水量分配工作并监督实施，负责河湖生态流量水量管理。组织编制并实施水资源保护规划。参与指导饮用水水源保护有关工作，参与水功能区划的编制。组织指导地下水开发利用和地下水资源管理保护。组织、指导地下水超采区综合治理。承担计划用水和节约用水工作，指导和推动节水型社会建设工作。按规定组织开展水资源调查评价有关工作和水资源承载能力监测预警工作。负责组织、指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导江河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。依法实行河道采砂许可制度，组织实施对河道采砂的监督、管理。负责河长制、湖长制组织实施的具体工作，开展综合协调、政策研究、督导考核等日常工作，协调组织执法检查、监测发布和相关突出问题的清理整治等工作。承担区河（湖）长制办公室的日常工作。负责指导水能资源调查、评价工作，指导水能资源开发利用管理工作，组织指导水能资源有偿使用管理工作。拟订农村电气化和农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料发展规划并组织实施。承担5万千瓦及以下水电站建设行政管理工作。

四、水利建设与安全监督管理股（加挂水旱灾害防御办）。负责指导水利工程建设管理，拟订有关制度并组织实施。组织区级及跨乡镇（街道）的重点水利工程的建设、安全鉴定和验收。组织指导城乡防洪排涝工程建设。承担水利建设市场的监督管理和信用体系建设相关工作。组织、指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程。组织、指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等工程的运行管理与划界。承担水库、江河堤防及水闸除险加固和技术改造相关工作。拟订农村水利发展规划。指导农村饮水安全、节水灌溉、乡镇供水、灌区及泵站改造、雨水集蓄利用建设与管理工作。拟订节水型农村水利发展目标和计划，组织指导灌区的管理、更新改造和续建配套工作，指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。负责督促检查水利重大政策和重点工作的贯彻落实情况。组织实施全区水利工程质量和安全监督。负责水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站、江河堤防、水闸等水利工程、水利设施的安全监管。组织、参与重大水利安全事故的查处。负责组织编制洪水干旱防治规划和防护标准，重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情监测预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运行补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。指导水资源调度工作并监督实施，承担跨乡镇（街道）跨流域调水工程的调度管理工作。承担水利局机关内部审计工作。负责承担水土流失综合防治工作。组织编制水土保持规划并监督实施。组织水土流失监测、预报并公布。按分级管理规定审核生产建设项目水土保持方案并监督实施。承担区水土保持委员会办公室的日常工作。负责编制水利科学技术发展规划，组织指导水利科学研究、技术引进和技术推广。负责组织实施水利行业国家、地方技术标准、规程规范。会同有关部门承担水利对外技术交流合作工作。开展作物需水定额和节水灌溉技术研究试验。负责水利水电工程移民安置工作的管理和监督。负责水库移民后期扶持扶助政策的实施和监督。负责中央和省级、市级水库移民扶持基金使用的监督和管理。

机关党办。负责局机关和直属单位的党群工作。